保税物流与国际物流都是国际供应链的组成部分，在国际供应链中的企业普遍面临更短交货周期、更低利润空间的压力下，要求保税物流持续降低运作成本、提高反应速度，对通关速度、服务、效率、便利性、弹性等方面提出了更高的要求。目前我国保税物流实际运作中，企业普遍面临以下问题：
1.通关效率低下。由于业务量每年增长较快，海关一直处于繁忙状态，通关作业需要等待，加上查验设备、电脑系统、转关手续等问题，导致通关时间过长。例如深圳皇岗口岸通关需要2-4个小时。
2.物流成本偏高。配送中心、集散中心选择以装运港附近，一般存在租金高、满载率低及配送距离不经济的缺点。以东莞企业集装箱运输费用为例，工厂到香港为3000元/车，而到盐田港为1800元/车，到蛇口港为1100元/车。
3.第三方物流发育程度不高。以传统的运输、仓储、关务为主，物流管理外包、高附加值服务（VMI，JIT）、物流信息化的企业比例低。
4.集成服务。海关、检验检疫、税务、保险等部门较为分散，在处理具体问题时导致企业多头跑，效率低下且费时费力。
以上问题可以归结为海关监管效率与保税物流创新的问题。
海关监管效率是保税物流的瓶颈，随着我国对外贸易量快速增加，海关监管的工作重心由保证进出口的合法性转移到配合商业与贸易的发展，但监管资源（人力、设备、设施）不可能以同样的速度增加，而传统监管方式不分重点、资源平均、不重绩效。有三种方法来解决海关监管效率这个瓶颈问题：①以信息化管理为平台，通过快速获得信息来提高反应速度。②以全程监控为依托，减少中间环节。③风险管理。
保税物流的创新主要有三种方式：①流程再造，通过简化、同步、自动化等方法对各类流程进行改造，如空中报关、"卡车航班"、空陆空接驳联运、就地报关、预约通关等是典型的实例。②规模经济，建设一体化的物流中心，进一步发展制造企业物流外包，提高物流仓储、运输、信息服务的经济规模；③新技术应用，主要包括监控智能化、数据采集自动化、数据传输电子化、业务审批网络化，及建设区域性物流信息平台。
在全球经济一体化的大环境下，对外贸易、跨国生产和制造体系全球化将进一步发展，并带动国际物流的迅速发展，相应的保税物流作为国际物流的接力区，其发展必将在国际物流及国内物流的推动下，由被动变主动、由管理变服务，成为推动我国对外贸易、加工贸易深层次发展的重要因素。通过完善政策平台，创新海关监管体系，建设布局合理、功能完善、信息畅通的综合性物流平台，可达到降低保税物流运作成本、提高物流反应速度，以适应经济全球化的发展趋势，满足区域经济发展的需要。
