１、规划设计层面的物流成本控制
日本学者西泽修认为，支付的狭义物流费相对于全部物流成本只是冰山一角，提出物流成本的冰山理论。在物流中心的成本控制中运作层面的物流成本被放在了显著的位置。但是认真研究物流成本构成的整体后，你会发现隐含在日常物流运作费用后面的是物流整体规划设计层面的成本决定因素，这部分成本构成包括：
1）物流中心规划设计：物流中心的规划设计对物流中心的运作成本构成是长期的，有时会是决定性的。物流中心的规划设计在物流中心的选址，物流中心的规模，物流中心的设备选择等几方面影响着物流中心运营的成本。在西方国家，人工费用占据物流中心仓储成本的６０％以上，而我国由于劳动力的低成本，仓储设备设施折旧占据了物流中心仓储成本的５０％以上。因此合理控制物流中心规划设计环节是降低物流中心运作成本的重要部分。
2)供应链成本：贯穿于供应链体系和受供应链上下游关系影响的物流成本称为供应链成本。影响物流中心运作的供应链成本包括：因供应链信息不透明和信息滞后而发生的存货控制不良造成的存货损失；因供应链标准不统一而发生的重复搬运费用；因供应网络设计不合理而发生的运输损失等等。
２、运作管理层面的物流成本控制
运作管理层面的物流成本包括运输成本，仓储成本，存货成本，物流管理成本。物流中心一旦建立起来，运作管理层面的成本控制就成为日常管理工作的重点。以下几点可以为物流中心成本控制提供帮助：
1）设定ＫＰＩ指标，控制各环节物流成本
对物流中心而言，大部分的物流成本产生于物流中心运作过程中，重视物流中心的历史运作信息收集，设定合理的ＫＰＩ（关键运作指标）是实现物流运成本控制的有效方法。ＫＰＩ指标的设定可以使管理者有明确的努力方向，使物流中心有统一的管理目标，使管理公平，透明化。物流中心通用的ＫＰＩ指标包括仓库总效率，分拣效率，盘库准确率，车辆满载率，送货准时率，服务水平等等一系列指标。合理的选择ＫＰＩ指标，使运作评价指标有效的服务于公司物流战略是物流中心管理的任务。
2）完善信息系统，降低物流成本
信息系统是现代物流的重要体现，缺少及时、准确、全面的信息是产生车辆空载、重复装卸、对流运输等无效物流现象的根源，也是导致库存周转慢、库存总量大的重要原因。配备合理，先进的物流信息系统为企业节省由于信息传递速度慢和准确率低的而发生的成本，也从增加客户满意度上得到更多的实惠。物流中心建立方便，快捷，高效的信息系统，可以增加供应链体系的信息透明度和信息传递速度，从而为降低物流成本提供有效帮助。
3）合理规划供应链，降低系统成本
物流中心是供应链中的一环，是连接客户与供应商的关键环节。物流中心的运作是与供应链上下游紧密相连的，不是完全独立存在的，供应链体系中的诸多运作形式对物流中心的运作成本都会产生影响。比如，供应链体系中托盘的共同化是保证货品有效流动，避免多次人工搬运的前提；供应连体系中上下游的合理存货水平的设定是减少过渡存货的有效手段；合理安排运输过程，避免车辆长时间的等待，回程装货可以大大减少运输的运作成本。
4）加强客户关系，实现双赢
在当今市场越来越倾向于买方的趋势下，物流中心所面对的客户的要求成为了决定物流中心运作成本的最关键决定因素。客户的每一个需求都会对物流中心的运作成本产生影响，比如送货的频率，送货的时间，订货的批量限制，订货提前期等等。多频率、少批量配送会增加运输成本，太短的订货提前期和订货的满足率会增加订货处理和仓储成本。一味的满足客户的要求必然会增加物流成本，并且此成本最终会转移到供应链中去。物流中心所发生的物流成本与给客户创造的价值不是等比例的关系，所以如何在满足客户需求的情况下求得物流中心的成本最小化是物流中心客户管理的重要任务之一。显然，我们不可能通过降低服务水平来削减物流水平。但是，我们可以通过对客户服务的优化，在不降低服务水准甚至提高服务水准的前提下，降低物流成本。优化客户服务的第一步是要明确客户究竟需要什么样的服务项目和水平。为此，必须与客户进行全方位、频繁地沟通，深入了解客户的经营特点和运作特征，在满足客户需求的基础上求得系统的成本最优。
5）扩大物流规模，增加效益
物流中心的运作特性决定了成本与运作规模的关系，物流中心的仓储成本，管理成本，车辆满载率等关键成本指标都与物流规模有着相当大的关系。物流规模包括运作量的大小，也包括供应链的长短，还包括增值服务的覆盖范围。物流中心运作的量越大，平均单位的运作成本越低。物流中心所连接的供应链越长，所提供的物流运作越顺畅，越容易达到供应链优化的效果。物流中心提供的增值服务功能越多，给客户创造的价值也越多，在客户供应链中的地位也越重要。
