存在的主要问题有：
1．物流观念落后，自办物流现象突出。由于对物流作为“第三利润源泉”的错误认识和受“大而全”、“小而全”的观念影响，很多生产或商业企业既怕失去对采购和销售的控制权，又怕额外利润被别的企业赚去，都自建物流系统，不愿向外寻求物流服务。中国仓储协会2001年对2000家企业的调查，第三方物流业务在生产和商业企业所占比重仅为21%和13%。
2．条块分割严重，企业规模偏小。长期以来，由于受到计划经济的影响，我国物流企业形成多元化的物流格局，除了新兴的外资和民营企业外，大多数第三方物流企业是计划经济时期商业、物资、粮食、运输等部门储运企业转型而来。条块分割严重，企业缺乏整合，集约化经营优势不明显，规模效益难以实现。
3．物流渠道不畅。一方面，经营网络不合理，有点无网，第三方物流企业之间、企业与客户之间缺乏合作，货源不足，传统仓储业、运输业能力过剩，造成浪费；另一方面，信息技术落后，因特网、条形码、EDI等信息技术未能广泛应用，物流企业和客户不能充分共享信息资源，没有结成相互依赖的伙伴关系。
4．服务功能不全。大多数物流企业只能提供单项或分段的物流服务，物流功能主要停留在储存、运输和城市配送上，相关的包装、加工、配货等增值服务不多，不能形成完整的物流供应链。据中国仓储协会2001年初的调查，在采用第三方物流的需求企业中，有23%的生产企业和7%的商业企业对第三方的物流服务不满意。
5．物流人才匮乏，设施落后，管理水平较低。我国物流业还处在起步阶段，高等教育和职业教育尚未跟上，人才缺乏，素质不高；物流设施设备落后、老化，机械化程度不高，不符合客户特定要求。
