出入境检验检疫工作程序是指，检验检疫机构依法对出入境货物、运输工具、集装箱、邮寄物、人员及其携带物等进行检验检疫、鉴定和监督管理所采取的步骤、次序，由于检验检疫工作的具体内容很多，工作程序、流程也较复杂，一般要经过报检、抽（采）样、检验检疫、卫生除害处理、计收费、发证放行等步骤或流程。
近年来，随着国际贸易的扩大，经济全球化趋势的发展，出入境检验检疫工作量亦随之加大。在这种情况下，为了适应工作的实际需要，简化出入境货物检验检疫和放行通关程序，提高通关效率，国家质检总局积极推进“大通关”工程建设，实行“三检合-”的工作模式，（指把进出口商品检验、动植物检疫、卫生检疫三者合并在一起，实行一次报检、一次抽样、一次检验检疫、一次卫生除害处理、一次计收费、一次发证放行的工作流程），推行以电子申报、电子监管、电子通关为主要内容的“三电工程”。由于国家质检总局采取了上述先进管理措施，检验检疫工作程序得到进一步优化，工作效益大幅度提高。实现了海关“方便进出、监管有效”的目标。
