运输工具动植物检疫发现疫情的处理方法：来自动植物疫区的船舶、飞机、火车，经检疫发现有《动植物检疫法》规定的名录所列病虫害的，必须作熏蒸、消毒或者其他除害处理。发现有禁止入境的动植物、动植物产品和其他检疫物的，必须作封存或者销毁处理；作封存处理的，在中国境内停留或者运行期间，未经口岸出入境检验检疫机构许可，不得启封动用。对运输工具上的泔水、动植物性废弃物及其存放场所、容器，应当在口岸出入境检验检疫机构的监督下作除害处理。
对入境供拆解的废旧船舶必须实施动植物检疫。入境拆解的废旧船舶有两类：
（1）我国淘汰的用于拆解的国际航行船舶。
（2）我国从其他国家购买的用于拆解的废旧船舶。
废旧船舶长期往返于不同的国家或地区，运载各种货物，船员生活在船上，其吃用住行所需的物品、种养的观赏动植物，存留病虫害的机率较大。船体易被动植物病虫污染，船上遗留的动植物和动植物产品是传播动植物病虫的重要的媒介。在以往对废旧船舶实施动植物检疫的实践中，发现了很多疫情，且几乎所有进口的废旧钢船都带有我国禁止进口的水果类或生猪肉，充分说明了对拆解的废旧船舶实施动植物检疫的必要。
入境车辆动植物检疫的规定：来自动植物疫区的入境车辆，由口岸出入境检验检疫机构作防疫消毒处理。装载入境动植物、动植物产品和其他检疫物的车辆，经检疫发现病虫害的，连同货物一并作除害处理。装运供应香港、澳门地区的动物的回空车辆，实施整车防疫消毒。
对运输动植物、动植物产品和其他检疫物出境的运输工具实施检疫。装载动物出境的运输工具，装载前应当在口岸入境检验检疫机构监督下进行消毒处理。装载出境动植物、动植物产品和其他检疫物的运输工具，应当符合动植物检疫防疫的规定。
