出口货物退(免)税清算是指一个年度(公历1月1日至12月31日，下同)终了后三个月内，主管 出口退税 的税务机关按照出口退(免)税政策和出口退(免)税管理办法的规定，对出口企业在上一年度及以前年度清算备案的出口货物退(免)税情况，以及应退(免)未退(免)税情况进行一次全面、系统的重新审核、计算、清理和检查。
通过出口退(免)税清算，一方面可以全面检验出口企业和退税机关自身一个退税年度执行国家出口退(免)税政策情况和管理质量，发现存在的问题和漏洞，明确改进方向，提高出口退(免)税管理质量;另一方面，结清清算期内出口企业应退、已退、多(少)退税，摸清退(免)税家底，为准确分析清算年度退税计划执行情况和编制下一年度退(免)税计划提供依据，为本级和上级领导决策服务。
出口货物退(免)税清算工作任务艰巨，责任重大。清算工作完成的好坏，直接影响到下一年度出口货物退(免)税工作的开展。其中上一年度应退未退结转下一年度的退税额，是总局分配下达下一年度 出口退税 计划的重要依据;上一年度应免抵而未免抵结转下一年的免抵税额，也是总局下达、调整下一年度税收收入计划的依据之一，各级国税机关必须层层把关，层层负责，确保清算上报数字的准确性，不得为多申请退税计划而弄虚作假。对上报数据不实的，一经发现，总局将以上一年度下达的全年 出口退税 计划为基数，扣减其下一年的出口退税计划，并追究有关责任人员的责任。
二、清算的方式
清算的方式有两种：(1)先由出口企业按退税机关的要求自行进行清算，并将清算自查报告、清算表格等清算资料上报退税机关，由退税机关复核确认;(2)由退税机关直接对出口企业进行清算。
三、清算的内容和要求
(一)清算的时间和企业范围
清算的时间范围：出口企业在上一个年度内出口货物的退(免)税款，以及以前年度应退未退结转上年办理的退(免)税款。
清算的企业范围：包括在上一年发生出口退(免)税业务的所有企业。
退税机关遇到下述情况，应对该年度内出口企业出口货物已退(免)税情况进行及时清算：
1.出口企业经营发生变化，如出口企业因某种原因停业、歇业、破产、迁移、转业、合并、分设等;
2.出口企业违反国家有关政策规定，被国家有关部门停止或暂停一定时期出口退税权、出口经营权的。
(二)在清算过程中，要重点对以下方面内容进行核查：
1.出口企业(包括 外贸 、工贸企业和自营、委托出口货物的生产企业，下同)有无从事"四自三不见"业务涉嫌骗取出口退税的问题。如存在涉嫌骗税问题，要一查到底，不受清算时间的限制。有重大涉嫌骗税问题的，要及时移送有关部门查处。
2.出口企业申报退税所提供的出口货物 报关 单、增值税专用发票(或普通发票)、专用税票、出口收汇 核销 单是否规范、真实有效，有无伪造、涂改、非法购买、虚开代开和其他弄虚作假的问题;在具体办理退(免)税过程中，是否真正做到了 单证 相符、 单证 和出口货物 报关 单、出口收汇 核销 单、专用税票等电子信息相符;
3.出口货物退税率适用是否准确，是否严格按照总局下发的退税率文库审核审批办理退税。对调整出口退税率的货物，是否严格按照出口货物的 报关 离境日期执行。对多退的税款，要依法扣回，少退的税款予以补退;
4.对生产企业出口货物"“免、抵、退”"税额的计算是否准确;其计税离岸价格是否正确;
5.生产企业是否存在已出口但不申报"“免、抵、退”"税的情况;
6.对生产企业超过规定期限仍未取得有关 单证 的出口是否按规定补税;
7.对借权、挂靠企业已办理的退税，是否按规定全部追缴入库;
