温度控制与记录。冷链物流中心的温度控制与记录是管理的重要一环。物流中心各功能区域的温度设定和控制方法是根据产品要求，作业模式和设备类型等因素来决定的。随着制冷技术的发展，温度控制实现了自动化，为节省人力，节约电力提供了很大的帮助。温度记录是管理控制的手段，是企业内部管理不可缺少的环节，也是保证产品质量可追踪的必要条件。
作业安全与作业效率。冷链物流中心必须有一套完整的安全管理体系才能保证运作的平稳运行。安全体系应包含组织机构，责任划分，人员培训，应急预案处理程序等。冷库的安全问题是由它的设施设备和作业环境所决定的，包括冷媒泄露可能引起的事故，地面结冰引起的人员伤害，长时间冷库作业可能引起的人员伤病和设备在冷环境下所出现的事故等等。忽略安全隐患的防范可能带来不可弥补的损失。
物流中心应急系统。冷链物流中心的应急系统是它的系统特点所决定的。冷库可能出现的问题有电力系统中断，冷媒泄漏和运营中造成得事故等。一般冷库有双回路电力系统支持，以最大限度减少单一线路停电带来的影响。在没有双回路电力系统的地方，自备发电机以防万一。冷媒泄漏可能造成长时间的停止运作，冷库员工的操作也可能造成库板，散热器等部位的损坏，快速补充和修复泄漏系统是冷库正常运作的保证。另外，在系统出现故障的情况时，停止出入库作业，防止冷散失，最大限度延长库内低温环境是必要的营运应对措施。
