海关是报关公司的主管单位,报关行依法按程序代理客户向海关申报进出口货物(很多工厂和外贸公司有自理报关权)。海关的其它基本职能还包括：监管、征税、统计、缉私。以大鹏海关为例，大鹏海关业务科包括：综合业务科、码头监管科、转关科、调查科、船管科、办公室、人保科、行政财务科。
深圳海关分一线海关和二线海关。一线海关指申报之后直接可以出境的海关。而二线海关指申报之后必须再通过一线海关再报关才能出口的海关。
深圳海关总署共有几个一线海关：
大鹏海关、蛇口海关、文锦渡海关、皇岗海关、沙头角海关，其中蛇口海关又包括以下几个码头；SCT （SHEKOU）、赤湾（CHIWAN）、妈湾 （MAWAN ）、招港（ZHAOGANG）、东角头（进口码头）。其中中港拖车—陆路口岸：文锦渡、皇岗、沙头角。
一线海关当中又分为船运和路运海关，五个一线海关当中大鹏海关和蛇口海关为船运海关，文锦渡海关、皇岗海关、沙头角海关为路运海关。
二线海关如笋岗海关、福田保税区海关等。盐田的怡和仓、马士基物流等保税仓直接向大鹏海关申报。湖北仓、梅园仓等海关监管仓库向笋岗海关申报。
第二节、报关所需单证
一、出口报关所需报关资料：
1．一般贸易报关所需报关资料：
1). 报关委托单(一式两份,盖公章)
2). 货物出口报关单(一式两份,盖报关专用章，有的货物入海关监管仓需盖公章)
3). 存(出)仓委托书(盖公章)，整柜出口不需要存（出）仓委托书。
4). 装箱单(一式两份,盖公章)
5). 发票(一式两份,盖财务专用章或公章)
6). 销售合同正本(一式两份,盖合同专用章或公章)（注意有效期和企业代码和贸易条款，当贸易条款为CIF或C&F时，需提供买卖单价）
7). 核销单(一式一份,盖公章)
8). 其它必需的证书，如商检、动植检、许可证、配额等
9). 重柜纸（有的船公司需要，其中盐田一定要，蛇口有一部分船公司需要，比如MSC）
2、手册报关
对于三资企业来说，如果做的是来料加工或进料加工，则用手册报关+核销单，其它所需报关资料同一般贸易。来料加工指工厂没有进出口权，接到国外客户订单加工之后再出口给国外客户，工厂不负责出口销路，来料加工只收取工缴费。来料加工出口的核销单需到外经委加盖章。进料加工的工厂可以自行出口，自己选择贸易商。
3、转关
1).转关纸(盖以发货人、车行章)，异地海关放行章。
2).出口报关单
3).重柜纸（有的船公司需要，有的船公司不需要）
4).司机本(必须在起运地或指运地备案)
4、清单报关，指工厂用集中报关单出口报关，只能用在文锦渡及皇岗和沙头角。
二、进口报关:
1．一般贸易进口报关:
1).报关委托书(盖收货人章)
2).装箱单(盖发货人章)
3).发票(盖发货人章)
4).合同
5).提单(B/L)
6).提货单(D/O)
7).商检、动植检、许可证等海关所需单证
2、进口转关所需报关资料：
1).发票(发货人章)
2).装箱单(发货人章)
3).司机纸(转关纸)(发货人、收货人、车行章)
4).提单(B/L)
5).提货单（D/O）
6).司机本(大鹏海关备案)
3、报关单内容
1）出口口岸：指报关出口口岸主管海关
2）经营单位：出口核销单上显示的出口单位
3）发货单位：一般为经营单位
4）运输方式：海运/铁路/公路
5）运输工具名称：汽车—— 车牌
海运—— 船名
6）许可证：进出口需要的官方批准文件
7）批准文号：核销单号
境内货源地：深圳特区/深圳其它等等
9) 件数/包装种类/毛重（公斤）/净重（公斤）：全部按照实际出口的件数，包装等。
10) 集装箱号：就是柜号
随附单据：配额、商检、植检或其它文件的编号
11）标记唛头及备注：如果是样品请注明样品，如是退税请务必注明退税，当报退税时，蛇口不需要增值税发票，其它海关都需要。
12）项号：就是序号
13）商品编号：每一种商品都有一个海关规定的八位数编号，即商品编码。根据编号，可以查到该项品的税率及申报的方式（按公斤或个数或其它方式）。
14）报关单有五联：
A）白色联 ：海关留底用
B）绿色联 ：交给外汇管理局，凭此向联向国家申请退税
C）红色联 ：报关行存查联。
