日本90%以上的进口申报手续已实现信息化。
(一)进口申报
根据日本《海关法》第六十七条至七十二条，申报时，必须提交进口报关单，申报货物数量、价格及其他必要信息。
一般来说，必须在货物进入海关监管区或其他海关指定区域后申报。但对于一些经日本财务省关税局局长批准的特殊物品，在未卸货或未进入堆场前也可申报。
(二)报关人
进口货物一般应由进口该货物的人员或其代理人申报，通常做法是由报关行作为进口商的代理进行申报。
(三)单证要求
根据日本《海关法》第六十八条的规定，进口申报时需提交以下单证和文件：
- 进口(征收关税)报关单(海关C-5020表格)，一式三份;
- 发票
- 海运提单或空运单
- 原产地证书(适用WTO税率时提供)
- 普惠制原产地证书(表A)(适用优惠税率时提供)
- 装箱清单、运费清单、保险凭证等(必要时提供)
- 《海关法》以外的其他法律法规要求提供的许可证、证书等(进口限制类货物时提供)
- 关于关税和特别消费税减免税的详细说明(适用减免税时提供)
- 关税缴纳凭证(货物需要课征关税时提供)
原则上，上述需额外提供的单证和文件，海关仅在其对确定是否给予入境许可具有重要参考意义时方要求提供。限制类物品必须提供进口许可文件。
二、出口
出口货物在出口前必须存放在海关监管区或海关指定的其他存放区域。出口商或其代理人必须向日本财务省关税局申报货物数量、价格及其他必要信息。
(一)出口申报
出口商或其代理人须提交出口报关单，申报出口货物的性质、数量、价格等信息，并随附发票和其他单证，如批文、许可证等。海关会将出口报关单和发票等随附单证进行比对，确认归类是否正确，是否已取得相关出口批文或许可证，货物是否享受减免税，是否需对货物进行查验等。
出口申报时，出口商应提交两份出口报告，一份用于进行贸易统计，另一份由海关留存，用于将来进行出口认证，等等。
(二)单证要求
出口申报时应提交以下单证和文件：
- 出口报关单(海关C-5010表格)
- 发票
- 其他单证和文件：认证书，许可证，批文等。
(三)查验
原则上，海关查验均在海关查验区进行。如货物无法移至查验区，则在货物存放区进行查验。
(四)放行
如查验后单货相符，则货物可以放行。
