一、受理（一）受理机构：口岸检验检疫机构。
（二）受理机构应建立口岸卫生检疫行政许可工作"流程卡"，详细记录许可工作过程，由申请人、办理人员签字并归入许可档案。（"流程卡"式样参考附件7）
（三）受理机构审查下列申请材料：1.《国境口岸食品生产经营单位卫生许可证申请书》（见网上总局检验检疫行政许可公示）；2.《营业执照》复印件（取得后补交）；3.卫生管理制度（如：卫生保洁制度、从业人员健康检查和卫生知识培训制度、消毒制度、采购制度等）；4.从业人员的健康证明及卫生知识培训合格证明；5.生产经营场所平面图和生产工艺流程图；6.生产原料组成成分、生产设备资料、卫生设施和产品包装材料说明；7.食品生产企业提交生产用水卫生检验报告；8.产品卫生标准、产品标识，生产产品的卫生检验结果及安全卫生控制措施。
说明：所有申请材料均需加盖申请单位公章；所有外文内容均需翻译成中文；申请材料均为2份，受理机构和决定机构各持1份（如受理和决定为同一机构，申请材料只需提供一份）；申请材料的文字、图像、符号应该清晰；提交的申请材料大小为A4纸；受理机构应接受申请人通过信函、电报、电传、传真、电子数据交换和电子邮件等方式提出的申请。
（四）告知申请材料不齐全或不符合要求的应当场或者5日内一次告知，并出具加盖受理机构专用印章和注明日期的《质量监督检验检疫行政许可申请材料补正告知书》（见总局国质检法[2004]275号文件），告知申请人须补正的全部内容，逾期不告知的，自收到申请材料之日起即为受理。
申请材料存在可以当场更正的文字上的问题等错误的，应当允许申请人当场改正。
（五）受理受理机构根据申请人提交的材料是否齐全，是否符合要求做出受理或不予受理的决定。
1.决定受理申请单位提出的许可申请和所提供的材料符合申请条件的，受理机构向申请单位出具加盖受理机构专用印章和注明日期的《质量监督检验检疫行政许可申请受理决定书》（见总局国质检法[2004]275号文件）。
2.决定不予受理受理机构对不需要取得行政许可的、不属于检验检疫机构职权范围的，应当即时告知申请人不受理，并出具《质量监督检验检疫行政许可不予受理决定书》（见总局国质检法[2004]275号文件）。并告知申请人向有关行政机关申请。
二、审查
（一）审查机构：直属检验检疫局卫生检疫主管部门或其授权的检验检疫分支机构。
（二）初审：受理机构委派2名以上检疫人员3日内对申请材料的实质内容进行核查。
（三）实地检查：对于首次申领卫生许可证的单位，由审查机构组织不少于2名直属检验检疫局卫生检疫主管部门认可的专家组成的专家考核组，5日内对申请单位进行实地检查，包括对申请单位产品进行抽样检查、检验、检测及对其生产经营场所依法进行现场考核。现场考核最长不得超过1个月（不包括申请单位不合格项目整改时间）；对申请变更和延续的单位，可根据实际情况，必要时可组织专家组进行现场考核、监测和检查。
实施实地检查前，应出具《质量监督检验检疫行政许可检验（检测、检疫、鉴定、专家评审）期限告知书》（见总局国质检法[2004]275号文件）。
（四）告知1.审查机构对口岸卫生检疫行政许可申请进行审查时，发现申请许可事项直接关系他人重大利益的，应以《质量监督检验检疫行政可利害关系告知书》（见总局国质检法2004）275号文件）的形式告知该利害关系人。申请人、利害关系人有权进行陈述和申辩，审查机构应听取申请人、利害关系人的意见，并填写《质量监督检验检疫行政许可陈述申辩笔录》（见总局国质检法[2004]275号文件）。
2.需要听证的重大许可项目，审查机构应向社会公告，并按照《行政许可法》有关规定举行听证。
（五）复审对于申请材料齐全、符合法定形式，材料初审合格，现场考核及采样检验合格的申请单位，审查机构将申请、初审、现场考核的结果等书面资料存档，报本部门主管领导复审。
（六）上报、1.审查机构向决定机构上报以下材料：①《国境口岸食品生产经营单位卫生许可证申请书》；②申请单位送交的申请材料；③初步审查意见；④卫生检疫行政许可工作"流程卡"；⑤实地检查或抽样检验、检测、检疫的结果报告；⑥其他材料。
2.在审查后7日内将上述材料送达决定机构审核。
三、决定
（一）决定机构：直属检验检疫局卫生检疫主管部门或其委托的分支检验检疫机构。
对于委托许可项目，双方应填写《质量监督检验检疫行政许可委托书》（见总局国质检法[2004]275号文件）。
（二）决定：根据审查机构上报审查材料、现场考核的结果，5日内作出准予许可或不予许可的决定。
决定机构不得要求申请人重复提供申请材料。
四、签发证书或不予行政许可决定书
（一）准予许可的，应于10日内由决定机构向申请单位颁发由直属检验检疫局卫生检疫主管部门统一编号、盖章的《中华人民共和国国境口岸食品生产经营卫生许可证》。
《中华人民共和国国境口岸食品生产经营卫生许可证》在全国口岸范围内有效，向异地口岸提供食品的单位，应持《中华人民共和国国境口岸食品生产经营卫生许可证》复印件向当地检验检疫部门备案。
（二）不予许可的，应于10日内由决定机构向申请人送达《质量监督检验检疫不予行政许可决定书》（见总局国质检法[2004]275号文件），并告知申请单位享有依法申请行政复议或者提出行政诉讼的权利。
（三）送达《质量监督检验检疫不予行政许可决定书》后，该许可流程结束，如再提出申请，则进入一个新的申请、审查流程，需重新提交申请材料，并在上交申请材料时，附加原《质量监督检验检疫不予行政许可决定书》。
