入境客轮或其代理人应在客轮预计抵达口岸24小时前（航程不足24小时的，在驶离上一口岸时）向检验检疫机构申报，并填报《入境检疫申报书》。如填报的内容有变动要及时向检验检疫机构更正。
根据来自港疫情情况及客轮入境前船长或其代理人所申报的内容和检验检疫的相关要求，决定入境检疫形式（可采取锚地、电讯、靠泊、随船检疫）；
登轮查验：
1、证书查验：认真审查航海健康申报书，询问船员、旅客的健康状况。查阅船员名单及旅客名单，了解船员变动的原因，同时查阅中国籍船员及旅客的《健康证明书》；查阅船用物品、食品及饮水清单，了解其装载港及日期；查阅货物申报单，了解货物的种类、载货状况及装货时间；查阅船舶除鼠或免予除鼠证书，船舶卫生证书；必要时查阅旅客的预防接种证书，船医日志等。
2、医学检查：对船员和，对有疾病症状的船员或旅客，实施基本的临床检查，初步判定疾病的性质。
3、卫生检查：检查船舶食品、食品储藏间、厨房、配餐间、餐厅、宿仓的卫生状况，根据疫情对某种食品或动植物产品进行封存或销毁；检查船舶的医学媒介生物密度，以及生活垃圾的卫生和存放情况。
4、结果判定：依据检疫法对染疫/染疫嫌疑船的判定标准，判定其为未染疫/染疫/染疫嫌疑船，并发给相应船舶入境卫生检疫证/船舶入境检疫证。
5、检疫处理：根据查验结果，对生活垃圾、食品饮用水、行李周转集装箱、拖运集装箱的轮胎等实施必要的卫生处理；对染疫/染疫嫌疑船，依据检疫法实施必要的隔离、消毒、除虫、除鼠、留验、医学排查等卫生措施，并将卫生措施签注在船舶入境检疫证书上。
（二） 出境查验
1、由船方或其代理人在客轮离境前4小时内向检验检疫机构申报，办理出境手续。
2、办理出境手续时，船方或代理应向检验检疫机构提交《航海健康申报书》、《总申报单》、《货物申报单》、《船员名单》、《旅客名单》。
3、审核船方提交的出境检验检疫资料或经登轮查验，符合有关规定的，检验检疫机构签发《交通工具出境卫生检疫证书》，并在船舶出口岸手续联系单上签注。
