这些特殊区域指保税区、出口加工区。报检范围同前述。
一、保税区：基本上按照一般报检办理，特例如下。
1、区内企业间销售、转移货物及其包装物、铺垫材料、运输工具、集装箱，免检。
2、境外进区货物，属卫生检疫和动植物检疫的，必须进行动植物和卫生检疫。如果是用作原料的固体废物、旧机电产品、成套设备，则施检并监管。如系外商投资财产，作价值鉴定。
3、境外进区的仓储物流货物，以及自用办公用品、出口加工料件，都需要强制性产品认证。
4、境内区外进区，不须报检施检。
5、出区出境，报检施检。出区进境，免检，除非
a、需要食品卫生监督检验，而检疫的。
b、列入强制性产品认证目录的，需要验证证书、验明产品上的认证标志。
c、预包装食品、化妆品，需要办理标签审核手续。
*、境内进区然后出境的，可以持产地局签发的换证凭单，换领《通关单》，不施检放行。无产地检验，保税区办理检验检疫。
6、保税区转口法检对象，如包装密封良好、直接转口，则入境时只需外包装检疫、必要的消毒处理；如需简单加工或包装不良，然后转口的，需要动植物检疫、卫生检疫；如转口货物为动植物、动植物产品、其他检疫物，入境报检时需要提交输出国的官方检疫证书；如系动物，再加交国家质检总局签发的《动物过境许可证》、输入国允许进境证明；如系转基因产品，则需要加交国家质检总局签发的《转基因产品过境转移许可证》。
7、转口货物出区出境，免报免验。
二、出口加工区：
1、加工料件和区内自用办公、生活用品，免予“品质”检疫。但以废物为原料的，必须实施“环保”检验。
