ATA单证册制度的运作主要涉及到ATA单证册的签发、使用和核销等各个方面的具体问题，以及各国担保商会、出证商会与海关之间的相互协调与责任划分。
ATA单证册制度的实际运作过程包括四个步骤：
一、国际商会国际局设立ATA国际联保系统，各国指定相应的担保商会和出证商会。
二、货主向被授权的出证商会提出申请，提交相应的申请文件、出证费用、担保，出证商会审核认可后，签发ATA单证册。
三、单证册随货物在各国海关之间流转，凭其办理货物暂准进出口和过境等各类报关手续。
四、单证册使用完毕后交还出证商会核销。如有未遵守使用规则的情况，单证册进入索赔阶段，待索赔事项处理结束后，核销单证册。
ATA单证册具有突出的实用性，这决定了ATA单证册制度在运转过程中，具有理论和实际紧密结合的特征。此外，随着国际经贸的发展，ATA单证册制度在36年的实施过程中，不断解决了在实践中涌现的各种新问题，体现出包容大量国际贸易新方式的能力。ATA单证册制度在运转中鲜明地体现出这一特色。
出证与担保
ATA单证册制度的运转过程中，除设立担保机构、出证机构等前提工作外，主要包括签发、使用和核销三个实际应用阶段。其中，单证册的签发阶段是决定单证册是否得以顺利使用和核销，避免产生索赔，使商会和相关国家的国家利益得到切实保护的基础。因此，被授权签证的出证商会在出证阶段所起的作用非常重要。具体说来，ATA单证册的出证工作主要分为三个部分：
一、签发准备阶段
出证机构在签发ATA单证册前，应首先对申请人和货物是否有权使用单证册进行初步的审查。
1．ATA单证册使用人
（1）ATA单证册持证人
ATA单证册的持证人不一定是货物的所有人，但他必须对单证册项下货物承担经济责任。根据《伊斯坦布尔公约》附约A第8条的规定，在任何情况下，如因货物未遵守暂准进口条件，或过境、转关运输条件，因而产生应付的进口各税和其它款项，除《伊斯坦布尔公约》第4条第4款规定的款项外，单证册的持证人都应与出证商会共同或单独承担赔付责任。
通常，单证册被签发给定居或设立在签发国的法人或自然人，该人可以是贸易商、制造商、货运代理等。但是，《ATA公约》和《伊斯坦布尔公约》对持证人的资格都没有加以限制，持证人是否在签发国定居或设立，是否是自然人或法人，都不是签发单证册的必备条件，因此，一般来说，出证机构无需考虑单证册申请人的定居地或住所地。
各国担保商会必须签署的国际商会国际局《声明》第3条规定，单证册应交给单证册上所载明的货物的所有人，或交给声明自己有权自由处理这些货物的人。此外，就出证商会所了解的情况，持证人不应违反下列条件：
棗在出证国有一个公开的居所（除非国内法律赋予更大的便利）；
棗具有绝对的债务清偿能力。
由于各国担保商会为其所在的国家／地区签发的全部ATA单证册承担担保责任，各国出证机构有权自行决定对持证人的资格加以限制。在任何情况下，出证机构都有权不说明原因，拒绝向某一特定申请人签发ATA单证册。
另一方面，《伊斯坦布尔公约》的附约和《ATA公约》的相关国际货物公约中，详细列明了暂准进口的受益人，这种做法事实上对有权使用ATA单证册从事某特定暂准进口活动的人进行了限制。
例如，《伊斯坦布尔公约》附约B2，即《关于专业设备的附约》第3条规定，ATA单证册项下的任何专业设备必须同时符合三个条件：“第一，专业设备的所有人是定居或设立在拟暂准进口国境外的自然人或法人；第二，如果进口设备的人不是所有人，他必须是定居或设立在境外的法人或自然人；第三，专业设备应仅由暂准进口人使用或在其监督下使用。”根据这条规定，《伊斯坦布尔公约》某一成员国境内的公司不能在外国申请单证册后，凭其将专业设备从国外暂准免税进口到本国使用。
此外，《伊斯坦布尔公约》附约B3，即《关于集装箱、托盘、包装物料、样品等与商业活动有关的进口货物的附约》第4条第1款d项同样规定，“样品和广告影片的所有人必须在暂准进口地关境外设立或定居。”
因此，在签发ATA单证册以前，出证机构应当根据单证册实际使用目的核实申请人是否符合相关货物附约规定的条件。
（2）ATA单证册授权代表
ATA单证册的授权代表是持单证册在国内外海关实际办理进出口报关的人。相关国际公约对授权代表的资格没有限制，向海关提交单证册办理报关手续的人可以是持证人本人，或持证人的国内或国外报关代理、商业代理、潜在的买主等。
2．对货物的初步审查
（1）货物是否符合使用ATA单证册的基本要求
第一，使用ATA单证册的货物必须是暂准进口货物，即在进口后一定期限内按进口时的原状从暂准进口国复出口的货物。
第二，ATA单证册的设立宗旨是方便持证人为其产品寻求国外定单，促进科技、文化、体育的交流。从这一原则出发，下述货物不能使用ATA单证册：
a．拟出售的物品；
b．拟用于商业性加工、修理的零配件及其它物品；
c．（通常不能复出口的）消耗品或消费品等
第三，《ATA公约》的相关公约和《伊斯坦布尔公约》的附约规定，某些特定货物不能使用ATA单证册。例如，《伊斯坦布尔公约》附约B1规定，去国外参展的货物中，含酒精的饮料、烟草制品和燃料不能使用ATA单证册免税进口。《伊斯坦布尔公约》附约B2规定，拟去国外为工业生产、货物包装或开发自然资源所使用的设备，也不能使用ATA单证册。
（2）货物拟去的暂准进口国是否接受特定的ATA单证册
单证册签发前，申请人必须确认拟去国家是《ATA公约》或《伊斯坦布尔公约》的缔约方，且ATA单证册项下货物的用途必须在暂准进口国接受的范围之内。
