世界卫生组织（WHO）制定并经各国政府批准的《国际卫生条例》规定：集装箱在离境时，各出口国检验检疫机构应采取一切切实可行的措施，对集装箱实施检验检疫；集装箱到达时，各进口国检验检疫机构亦可对到达的集装箱实施检验检疫；各国检验检疫机构应尽可能确保国际运输中的集装箱在装运货物时无传染性物质、媒介昆虫和啮齿动物。
世界各国对出入境集装箱的检验检疫作出了明确规定。如澳大利亚、新西兰，由于两国地理环境特殊，农牧业特别发达并在其国民经济中占有重要地位，对检验检疫工作特别重视，并对集装箱的检验检疫制定了详细的规定。如澳大利亚检验检疫局（AQIS）制定的《货物集装箱检验概况和检疫程序》（1999年9月版）规定，只有具备检验检疫机构和检验检疫条件的港口方可进口集装箱；申报集装箱的检疫处理必须是在集装箱到达进境口岸之前；申报人向口岸动植物检验检疫机构提供的单证包括集装箱载货明细单、港务公司或调箱员填写的进境集装箱申报单、由货主或其代理填写的装载应检集装箱的检疫申报单，其中集装箱载货明细单必须在船到港前5天提供；对集装箱的检疫处理包括：（1）对集装箱内外木质结构必须按AQIS认可的方法进行永久性的免疫处理，检验检疫机构对经永久性免疫处理的集装箱实行注册登记，对未经永久性免疫处理的集装箱，则要求出口国提供有效期为21天的熏蒸证明；（2）对集装箱内外必须进行严格的检疫处理，以防止如蜗牛特别是非洲大蜗牛、土壤、植物性材料、动物性残留物，甚至鸟粪等可能携带传染疾病的媒介的传入；（3）对集装箱内应检货物的法定检疫处理。
美国和加拿大，对来自斑皮蠹疫区的集装箱不管装载什么货物，检验检疫机构都要求进行熏蒸处理。对集装箱箱体表面的检查，主要针对来自非洲大蜗牛疫区的国家。检验检疫机构与船公司、港务和海关联网，可随时查询进境集装箱的有关情况。
德国和荷兰对出境集装箱的检验检疫按贸易合同或输入国要求进行，对进境集装箱的检验检疫实行由公司自律管理的运行机制，政府一般不实施边境检验检疫和卫生除害处理，但对未经检疫处理装载动植物、动植物产品和食品等的集装箱，则须与所载货物一并进行检验检疫或卫生除害处理。据德国专家介绍，由于德国所处的纬度较高，常年气温较低，某些在亚洲、非洲易生长繁殖的病虫害，在德国难以生存。但对来自疫区的集装箱，则根据其是否构成危害的实际情况，分为一般熏蒸消毒、转至第三国、退回或销毁处理。
大多数欧盟国家把检验检疫工作放在产地，货物入境时主要检查有关证单，核对货证是否相符等，必要时才实施抽查性检验检疫。抽查频度根据以前进出口记录的风险分析程序来决定。在欧洲国家，集装箱的检验检疫主要在货物集装箱的集散地进行，如鹿特丹港设有专用的集装箱集散区（专用冷库），区内设有检验检疫站；在植物进口的集散地，也设有专门的检验检疫人员，实施审核单证、核对货物并实施现场检验检疫。
根据《新加坡传染病检疫实施细则》规定，新加坡政府要求，集装箱业主、租用者、发货人、收货人或代理人，就保证集装箱及内装货物始终无病媒昆虫和啮齿动物；集装箱包装、拆箱或贮藏的房地产业主或和用者，应保持该地无病媒昆虫和啮齿动物。
