凡列入《商检机构实施检验的进出口商品种类表》的进出口商品和其他法律、法规规定须经检验的进出口商品，必须经过出入境检验检疫部门或其指定的检验机构检验。法律法规规定须经检验检疫机构检验的进口商品的收货人，必须向卸货口岸或到达站的检验检疫机构办理进口商品登记;法律法规规定须经检验检疫机构检验的出口商品的发货人，应在规定地点和期限向检验检验机构报验。规定进口商品应检验未检验的，不准销售、使用;出口商品未经检验合格的，不准出口。进出口商品检验包括品质检验、安全卫生、数量鉴定、重量鉴定等。
进口商品安全质量许可
国家对涉及安全、卫生和环保要求的重要进口商品实施进口商品安全质量许可制度并公布《实施进口商品安全质量许可制度目录》。列入目录的商品须获得国家出入境检验检疫局签发的进口商品安全质量许可证书并被批准在商品上使用《安全标志》后，方能进入中国。检验检疫部门现已实施安全质量许可制度的进口商品共47类191种。
进口废物原料装运前检验
对国家允许作为原料进口的废物，实施装运前检验制度，防止境外有害废物向我国转运。收货人与发货人签订的废物原料进口贸易合同中，必须订明所进口的废物原料须符合中国环境保护控制标准的要求，并约定由出入境检验检疫机构或国家局认可的检验机构实施装运前检验，检验合格后方可装运。列入此制度目录内的商品有废纸、废金属、废塑料、废木制品、废纺织品等5类。
出口商品质量许可
国家对重要出口商品实行质量许可制度。出入境检验检疫部门单独或会同有关主管部门共同负责发放出口商品质量许可证的工作，未获得质量许可证书的商品不准出口。检验检疫部门已对机械、电子、轻工、机电、玩具、医疗器械、煤炭等76类商品实施出口产品质量许可制度。国内生产企业或其代理人均可向当地出入境检验检疫机构申请质量许可证书。
动植物检疫
检验检疫部门依法实施动植物检疫的有:进境、出境、过境的动植物、动植物产品和其他检疫物;装载动植物、动植物产品和其他检疫物的容器、包装物、铺垫材料;来自疫区的运输工具;进境拆解的废旧船舶;有关法律、行政法规、国际条约规定或者贸易合同约定应当实施检疫的其他货物、物品。
国家禁止下列各物进境:动植物病原体(包括菌种、毒种等)、害虫及其他有害生物;动植物疫情流行的国家和地区的有关动植物、动植物产品和其他检疫物;动物尸体;土壤。
对进境动物、动物产品、植物种子、种苗及其他繁殖材料实行进境检疫许可制度，必须事先提出申请，并在对外签订贸易合同或者协议之前办妥检疫审批手续。货物到达口岸后，应立即向当地检验检疫机构报检。经检疫合格的，予以放行，检疫不合格或需进一步检疫监管的货物，依据有关规定做出相应的检疫和监管处理。
对出境动植物、动植物产品或其他检疫物，检验检疫机构对其生产、加工、存放过程实施检疫监管。出境前，申请人向口岸检验检疫机构报检。经检疫合格的，出证放行;检疫不合格的，不准出境。
运输动植物、动植物产品和其他检疫物过境(含转动的)，应向检验检疫机构报检;要求运输动物过境的，必须事先申办《动物过境许可证》。携带、邮寄动植物、动植物产品和其他检疫物进境时，属于国家公布的《禁止携带邮寄进境的动植物、动植物产品和其他检疫物名录》(简称“名录”)的，作退回或销毁处理;属于“名录”之外的，由口岸检验检疫机构实施检疫。
对来自疫区的运输工具，口岸检验检疫机构实施现场检疫。装载动物出境的运输工具，装载前应在口岸检验检疫机构监督下消毒处理。装载动植物、动植物产品和其他检疫物的，应符合国家有关动植物防疫和检疫的规定。对装运供应香港、澳门地区的动物的回空车辆，实施整车防疫消毒。
食品卫生监督检验
进口食品(包括饮料、酒类、糖类)、食品添加剂、食品容器、包装材料、食品用工具及设备必须符合我国有关法律法规规定。申请人须向检验检疫机构申报并接受卫生监督检验。检验检疫机构对进口食品按食品危险性等级分类进行管理。依照国家卫生标准进行监督检验，检验合格的，方准进口。
一切出口食品(包括各种供人食用、饮用的成品和原料以及按照传统习惯加入药物的食品)必须经过检验，未经检验或检验不合格的不准出口。凡在中国境内从事出口食品加工、禽畜屠宰及贮存的企业都必须首先取得所在地卫生行政部门颁发的卫生许可证，然后向检验检疫机构申请注册、登记。经检验检疫机构审查合格的，分别核发注册证书或登记证。未取得注册证书或登记证的，一律不得加工、生产或贮存出口食品;对需要向国外申请注册、认可的，须取得有关进口国批准或认可的，也不得向该国出口食品。
出口商品运输包装检验
对列入《商检机构实施检验的进出口商品种类表》和其他法律、法规规定必须经检验检疫机构检验的出口商品的运输包装，必须申请检验检疫机构或检验检疫机构指定的检验机构进行性能检验，未经检验或检验不合格的，不准用于盛装出口商品。对出口危险货物包装容器衽危包出口质量许可制度，生产单位须向检验检疫机构登记，申请办理出口质量许可证。危险货物包装容器须经检验检疫机构进行性能鉴定和使用鉴定后，方能生产和使用。
卫生检疫与处理
出入境检验检疫部门统一负责对出入境的人员、交通工具、集装箱、行李、货物、邮包等实施医学检查和卫生检查。入境的交通工具和人员，须在最先到达的国境口岸接受检疫;出境的，须在最后离开的国境口岸接受检疫。检验检疫机构对未染有检疫传染病或者已实施卫生处理的交通工具，签发入境或者出境检疫证。
检验检疫机构对入境、出境人员实施传染病监测，有权要求出入境人员填写健康申明卡、出示预防接种证书、健康证书或其他有关证件。对患有鼠疫、霍乱、黄热病的出入境人员，应实施隔离留验。对患有艾滋病、性病、麻风病、精神病、开放性肺结核的外国人应阻止入境。对患有监测传染病的出入境人员，视情况分别采取留验、发给就诊方便卡等措施。
检验检疫机构负责对国境口岸和停留在国境口岸的出入境交通工具的卫生状况实施卫生监督。包括:监督和指导对啮齿动物、病媒昆虫的防除;检查和检验食品、饮用水及其储存、供应、运输设施;都督从事食品、饮用水供应的从业人员的健康状况;监督和检查垃圾、废物、污水、粪便、压舱水的处理。可对卫生状况不良和可能引起传染病传播的因素采取必要措施。
