船舶吨税是港口所在国家对船舶进出国境所征收的一种关税。凡与港口所在国政府签订有贸易、通税协定国家的船舶，根据"优惠国条款"，可享受优惠国待遇。
船舶吨税一般都是按船舶的净吨计收，但现在也有许多港口按总吨计收。船舶吨税并不一定每一个航次都要收取，可按各国规定期间收取。我国规定，经常来往我国港口的短途国际航线船舶，以每三个月为一期缴纳。
港务费
港务费一般可包括：船舶港务费、货物港务费、拖轮费、引航费、移泊费、系（解）缆费、停泊费等。
船舶和货物港务费是为了补偿用于保持港口水域、水道经常畅通，保证船舶安全进出港口和停泊所需的支出而向使用水域、水道的船舶和在港装卸的货物征收的费用。为加速港口建设，国务院发<1985>124号文件通知，对某些港口的进出口货物增收港口建设费。
拖轮费、引航费、移泊费、停泊费、系（解）缆费是船舶进出港口必须发生的费用。这些费用是由提供劳务的部门按规定的费率核收的。
装卸费和理货费
装卸费是船舶在港内装卸货物而应支付的费用。货物装卸费除按装卸费率表的规定计算外，对于在装卸搬运时需要敲、铲、刨、拉等困难作业，或按照货方、船方要求，需要进行捆、拆、加固、印标志等作业的货物，应以实际作业人数另按工时费率计费。进行货物包装、缝包、拆包、倒包、捆包、过磅、定量、分标志、港外减载等作业，也需要按规定另行计收费用。由港口工人开关舱口，则按规定计收开、关舱费。港口工人操作船舶起货机，应计收起货机工力费。
货物保管费
堆存在港口仓库、堆场的货物，按货物保管费率表规定计收保管费。
转口费
外国通过中华人民共和国港口以水运转水运，或水运转铁路，或铁路转水运的方式转往其本国或第三国的货物，均为国际过境货物。国际过境货物在转口港发生的装卸、搬运、港内驳运等费用称"转口费"。转口费按"国际过境货物转口费率表"的规定向承运船方计收。如发生其他费用，则按实加收。
驳运费
由港口驳船驳运的货物所支付的运输费用。其费用按"港口驳运货物费率表"的规定计收。
代理费
代理费包括船舶代理费、货物代理费及委托代办其他业务的费用。船方委托所在港口的外轮代理公司办理船舶进出港口的申报手续，联系安排船舶在港内各项作业和其他业务，外轮代理公司按规定计收代理费。船舶代理费，按船舶净吨计收，进港、出港各收一次。货物代理费，按船舶装（卸）货物吨数计收。
检验费
船舶在港根据装卸货的具体情况，进行必要的有关的检验（如检样、包装鉴定、水尺公估、货损等）。我国统一由商检局与船检局办理此类业务，并按规定收取一定费用。
节假日、夜班附加费
船舶到达港口，由港口统一安排作业，在国家法定节假日、星期六、日以及夜间进行引航、移泊、系解缆、开关舱、装卸等均加收附加费。
节假日附加费，按基本费率的100%加收，夜班（每日以8小时计算）附加费，按基本费率的50%加收。
租成设备及委托杂项作业费
货方或船方租用港口的船舶、机械、设备，委托港口工人进行杂项作业，均按"租用船舶、机械、设备和委托其它杂项作业费率表"规定的费率计收费用。
租成港口设备，按租用设备的数量、马力、负荷吨及使用时间计算。
其它杂项作业包括码头供水、一般扫舱、特殊平舱、拆防护板、倒垃圾、污水处理等。
对溢收或短收的各种费用，应在结算后180天内提出退或补的要求，逾期互不退补。
