主要包括以下几个方面:
(一)法律依据
法律依据主要包括由全国人大及其常委会制定的用以调整出入境检验检疫工作的法律。这些法律有：《中华人民共和国进出口商品检验法》、《中华人民共和国国境卫生检疫法》、《中华人民共和国进出境动植物检疫法》、《中华人民共和国食品卫生法》、《中华人民共和国刑法》等。这些法律是出入境检验检疫机构从事检验检疫工作的法律依据,其他检验检疫依据都不能与之相违背。
(二)行政法规依据
行政法规依据主要包括由国务院通过的调整出入境检验检疫工作的行政法规及法规性文件。这些行政法规有：《中华人民共和国进出口商品检验法实施条例》、《中华人民共和国国境卫生检疫法实施细则》、《中华人民共和国进出境动植物检疫法实施条例》等。
(三)规章依据
规章依据主要是指由国家出入境检验检疫局和农业部、卫生部以及原国家商检局根据法律行政法规制定的调整进出口商品检验、国境卫生检疫、进出境动植物检疫工作的规章。这些规章在出入境检验检疫工作中是运用最广泛的。
(四)地方性法规、规章依据
地方性法规规章依据主要是指有立法权的地方人大和政府在不与法律行政法规相抵触的前提下制定的在本辖区内实施的调整出入境检验检疫工作的地方性法规和规章。
(五)国际条约、国际惯例和贸易合同依据
我国参加制定的有关出入境检验检疫的国际条约也是检验检疫机构检验检疫的依据，但我国声明保留的条款除外；在国际交往中经过许多国家长期反复实践后逐渐形成并为各国所接受并承认法律效力的有关出入境检验检疫的行为规则，也是检验检疫的依据； 国际贸易 双方签订的贸易合同约定的检验检疫条款在不违反法律和社会公共利益的前提下也可以作为检验检疫的依据。
二、我国检验检疫依据具体主要包括以下几个方面：
(一)进出口商品检验依据
根据《商检法》和《商检法实施条例》的规定，商检机构依据下列标准实施检验：法律行政法规规定有强制性标准或者其他必须执行的标准的，按照法律行政法规规定的检验标准检验；法律行政法规未规定有强制性标准或者其他必须执行的检验标准的，按照对外贸易合同约定的检验标准检验；凭样成交的，应按照样品检验；法律行政法规规定的强制性标准或者其他必须执行的检验标准，低于外贸合同约定的检验标准的，按照对外贸易合同约定的检验标准检验；法律行政法规未规定有强制性标准或者其他必须执行的检验标准，对外贸易合同又未约定检验标准或者约定检验标准不明确的，按照生产国标准、有关国际标准或者国家检验检疫局指定的标准检验。
对于进口商品检验而言，国家法律行政法规没有规定强制性标准或者其他必须执行的标准，外贸合同对进口商品的品质、规格、包装条件和抽样、检验方法等有具体规定的，按规定检验。此外,外商提供的品质证明书、使用说明书、产品图纸等技术资料也是进口商品品质检验的依据；提单（运单）、国外发票、装箱单、重量明细单也是进口商品重、数量检验的依据；理货残损单、溢短单、商务记录是进口商品验残出证的依据。对进口食品按照国家食品监督和检验标准的有关规定进行检验，对无国家技术标准的参照国际上通行技术标准进行检验，对不符合我国技术标准的进口食品，按照《食品卫生法》规定处理。
就出口商品而言，一般按我国标准检验。但是，对于出口食品、动物产品以及涉及安全、卫生、环保的商品，除按合同、 信用证 进行检验外，还要根据进口国有关卫生、检疫等法令进行检验。
(二)动植物检疫依据
1.动植物病虫害名录。主要有我国国家规定的动植物检疫性病虫害名录、国际和地区条约及双边协议中的动植物病虫害名录、外贸合同中制定的动植物检疫性病虫害名录、贸易国动植物检疫性病虫害名录。
2.动植物检疫性病虫害检疫依据。包括动物、植物检疫操作规程、主管部、局发布的单项动植物检疫技术规程、管理办法中的检疫要求。其他还有动植物检疫国际或者地区标准及其通行做法，包括《国际兽医局动物疾病诊断方法和疫苗使用标准手册》、《国际植物保护公约》规定的有关检疫措施和办法、《欧洲检疫性有害生物》规定的检疫措施以及《亚洲和太平洋区域植物保护协定》所列的检疫措施。
3.动植物检疫性病虫害处理依据。它是进出口货物经检疫发现检疫性病虫害或者预防货物中含有动植物检疫性病虫害，在作出相应处理时所遵循的规定和采取的措施。其中动物病虫害处理包括有关除害处理和出入境动物检疫处理的有关规定；植物检疫性病虫害处理的有关规定；运输工具处理按《运载动物、动物产品的运输工具处理标准》和《运载植物、植物产品运输工具的处理标准》的规定进行。
(三)国境卫生检疫依据
1.入出境货物卫生检疫依据。
(1)一般不易携带病媒昆虫、啮齿动物、病原微生物的货物，如矿砂、化肥、钢铁及制品、电子产品等工业原料及制成品。
(2)易于携带病媒昆虫、啮齿动物、病原微生物的货物，包括：废旧物品、纺织品原料、原木及其制品、纸类产品、动物及其制品、食品类、水海产品类、蔬菜瓜果类、饮料类和垃圾及人、畜、禽类粪便等。按照《国境卫生检疫法》第4条的规定对上述货物进行流行病学调查、现场检疫和实验室检疫。对其中来自检疫传染病和监测传染病疫区被污染或污染嫌疑的货物、有碍公共卫生的废旧货物、携带病媒昆虫和医学动物的货物以及腐败变质的货物，进行除鼠灭虫、货物消毒。并进行相应的卫生学评价（经抽样检查不得有致病微生物，病媒昆虫和啮齿动物全部死亡）。
2.入出境集装箱卫生检疫依据。集装箱按用途分为普通箱、冷藏箱、干货箱、圆罐箱和柜架箱。按照《国境卫生检疫法》第4条、第14条和《国际卫生条例》第49条的规定对上述集装箱进行流行病学调查、现场检疫和实验室检疫。对符合卫生处理指征的（携带有病媒昆虫和医学动物的集装箱，载有腐败变质货物、食品的集装箱，载有废旧物品、有碍公共卫生物品的集装箱，来自检疫传染病或者监测传染病疫区、并且装有易于隐匿、孳生病媒昆虫、医学动物物品的集装箱，被传染病污染或者有污染嫌疑的集装箱）货物进行除鼠、灭虫和消毒处理，并进行相应的卫生学评价（病媒昆虫、啮齿动物全部死亡，细菌总数每平方厘米不超过8个，并不得检出致病菌）。
