《办法》对进口货物退运的流程和申请手续做了规范，另外还特别区分了货主申请退运和国家责令退运的两种情形。明确区分行政许可和非行政许可的办理程序。对于进口货物收发货人、承运人或其代理人申请直接退运货物的，适用行政许可审批程序；根据国家有关政策法规要求责令直接退运货物的，不适用行政许可审批程序。
根据《办法》规定，今后凡是在货物进境后、办结海关放行手续前，有下列情形之一的，不需企业申请，海关可责令当事人将进口货物直接退运境外：(一)进口国家禁止进口的货物，经海关依法处理后的；(二)违反国家检验检疫政策法规，经国家检验检疫部门处理并且出具《检验检疫处理通知书》或者其他证明文书后的；(三)未经许可擅自进口属于限制进口的固体废物用作原料，经海关依法处理后的；(四)违反国家有关法律、行政法规，应当责令直接退运的其他情形。
