现行检验检疫机构执行的收费依据是国家发改委和财政部于2003年12月31日下发，并于2004年4月1日正式实施的《出入境检验检疫收费办法》(发改价格[2003]2357号)。
(二)主要收费规定
1、检验检疫机构对出入境货物的计费以“一批”为一个计算单位。“一批”是指同一品名在同一时间，以同一个运输工具，来自或运往同一地点，同一收货、发货人的货物。列车多车厢运输，满足以上条件的，按一批计;单一集装箱多种品名货物拼装，满足以上条件的，按一批计。
2、同批货物涉及多项检验检疫业务的，应根据检验检疫业务工作实际情况，以检验检疫为一项，数量、重量为一项，包装鉴定为一项，实验室检验为一项，财产鉴定为一项，安全监测为一项，检疫处理为一项，分别计算，累计收费。
其中货物检验检疫费按品质检验、动植物临床检疫、植物现场检疫、动植物产品检疫、食品及食品加工设备卫生检验、卫生检疫分别计算，累计收费。
3、进料加工的出境货物品质检验费按收费标准的70%计收。
来料加工的入境货物不做品质检验的，不收品质检验费;来料加工的出境货物品质检验费，按收费标准的70%计收。
4、检验检疫机构依据有关规定对出口货物做型式试验的，按本办法及其收费标准收取型式试验费。完成型式试验的出口货物品质检验费，按收费标准的70%计收。
5、对危险品、有毒有害货物的品质检验、重量鉴定、包装使用鉴定以及装载上述货物的运输工具装运条件的鉴定按本办法及其收费标准加一倍收费。
6、同批货物检验检疫费超过5000元的，超过部分按80%计收。
7、出入境货物每批总值不足2000元的，免收品质检验费，只收证书(单)工本费;涉及其他检验检疫业务的，按规定收取相应费用。
(三)主要收费标准
品质检验：货值的1.5‰;
动植物检疫：货值的1.2‰
进口食品卫生检验：货值的1.2‰(小批量食品4‰)
出入境货物检验检疫费按上述各项分别计算，累计收费。累计不足60元，按60元计收。
