出入境检验检疫计收费，自2004年4月1日起，统一执行国家发改委、财政部制定的《出入境检验检疫收费办法》（发改价格<2003>2357号），办法实施前有关出入境检验检疫收费规定与办法不一致的，一律废止。
在此之前，检验检疫系统长期执行由原国家计委、财政部1994年以计价格794号、795号、796号文发布的《进出口商品检验鉴定收费办法及收费标准》、《进出境动植物检疫收费管理办法及收费标准》、《国境卫生检疫收费管理办法及收费标准》等收费规定。三检合一后，尽管检验检疫履行的法律义务和相应的工作职责没有发生根本变化，但组织机构合并为一，内部职能重新调整，业务流程简化并重新组合。为适应工作变化，国家发改委会同财政部、质检总局制订了《出入境检验检疫收费办法》，于2003年12月31日发布，并于4月1日起正式执行。
《出入境检验检疫收费办法》的出台，坚决贯彻了国务院领导“检验、检疫总体收费水平降低1/3”的指示精神，充分体现了“统一制定、简化减少、公开透明、公正合理”的原则，合理划分收费范围，简化收费项目，适应了检验检疫业务改革发展和我国对外贸易总体发展战略的需要，对加强出入境检验检疫收费管理，进一步保障出入境检验检疫机构和外贸当事人的合法权益，促进对外贸易健康发展具有深远的意义。
2、检验检疫收费办法
出入境检验检疫收费办法
第一条 为加强出入境检验检疫收费管理，保障出入境检验检疫机构（以下简称检验检疫机构）和缴费者的合法权益，根据《中华人民共和国进出口商品检验法》及其实施条例、《中华人民共和国进出境动植物检疫法》及其实施条例、《中华人民共和国国境卫生检疫法》及其实施细则、《中华人民共和国食品卫生法》等有关法律法规的规定，制定本办法。
第二条 本办法适用于各级检验检疫机构及其所属事业单位，以及与出入境相关的货主及其代理人和其他相关单位、个人(以下简称出入境关系人)。
第三条 检验检疫机构依法对出入境人员、货物、运输工具、集装箱及其它法定检验检疫物(以下统称法定检验检疫对象)实施检验、检疫、鉴定等检验检疫业务，按本办法及本办法规定的出入境检验检疫收费标准(以下简称本办法及其收费标准)收费。
第四条 出入境检验检疫费以人民币计算到元，元以下四舍五入。
按本办法及其收费标准计算不足最低额时，按最低额收取。
第五条 收费标准中以货值为基础计费的，以出入境货物的贸易信用证、发票、合同所列货物总值或海关估价为基础计收。
第六条 检验检疫机构对出入境货物的计费以“一批”为一个计算单位。“一批”是指同一品名在同一时间，以同一个运输工具，来自或运往同一地点，同一收货、发货人的货物。列车多车厢运输，满足以上条的，按一批计；单一集装箱多种品名货物拼装，满足以上条的，按一批计。
第七条 同批货物涉及多项检验检疫业务的，应根据检验检疫业务工作实际情况，以检验检疫为一项，数量、重量为一项，包装鉴定为一项，实验室检验为一项，财产鉴定为一项，安全监测为一项，检疫处理为一项，分别计算，累计收费。
其中货物检验检疫费项按品质检验费、动物临床检疫、植物现场检疫、动植物产品检疫、食品及食品加工设备卫生检验、卫生检疫分别计算，累计收费。
第八条 检验检疫机构对法定检验检疫的出入境货物按照有关检验检疫操作规程或检验检疫条款规定抽样检验代表全批的，均按全批收费。
第九条 货物品质检验费按不同品质检验方式计算。由检验检疫机构进行检验的，收取全额品质检验费；由检验检疫机构会同有关单位共同进行检验的(包括组织检验)，按收费额的50％收取品质检验费。
货物重量鉴定费按不同鉴定方式计算。由检验检疫机构鉴重的，按全额计收；由检验检疫机构监督鉴重的(包括检验检疫机构不具备鉴重设备的重量鉴定业务)，按收费额的50％计收。
第十条 进料加工的出境货物品质检验费按收费标准的70％计收。
来料加工的入境货物不做品质检验的，不收品质检验费；来料加工的出境货物品质检验费，按收费标准的70％计收。
第十一条 检验检疫机构依据有关规定对出口货物做型式试验的，按本办法及其收费标准收取型式试验费；完成型式试验的出口货物品质检验费，按收费标准的70％计收。
第十二条 对危险品、有毒有害货物的品质检验、重量鉴定、包装使用鉴定以及装载上述货物的运输工具装运条的鉴定按本办法及其收费标准加一倍收费。
第十三条 出入境贵稀金属，单价每公斤超过20000元的，超过部分免收品质检验费。
第十四条 同批货物检验检疫费项超过5000元的，超过部分按80%计收。
第十五条 出入境货物每批总值不足2000元的，免收品质检验费，只收证书(单)工本费；涉及其他检验检疫业务的，按规定收取相应费用。
第十六条 有以下情况之一的，检验检疫机构另收实验室检验项目、鉴定项目费：
(一)本办法及其收费标准中规定另行收取实验室检验项目、鉴定项目费的；
(二)外国政府或双(多)边协议或出入境关系人要求增加检验检疫操作规程以外的检验项目、鉴定项目的；
(三)法律、法规或国家质量监督检验检疫总局规章规定增加检验检疫操作规程以外检验项目、鉴定项目，且明确要求另行收费的。
第十七条 已经实施检验检疫的出入境法定检验检疫对象，有下列情况之一的，经重新报检并检验检疫后，检验检疫机构应按本办法及其收费标准另行收取相关费用：
(一)输入或前往国家(地区)更改检验检疫要求的；
(二)更换货物包装或拼装的；
(三)超过检验检疫有效期或证书（单）报运出口期限的；
(四)在口岸查验过程中，发现货证不符、批次混乱，需重新整理的。
第十八条 对经检验检疫机构检验检疫不合格，并已签发不合格通知单的出口货物，按全额收取检验检疫费。经检验检疫机构同意，出入境关系人对不合格的货物重新加工整理后，检验检疫机构再检验检疫一次的减半收费。
