(一)入境船舶卫生检疫申报
1、申报
(1)船方或其代理人应当在船舶预计抵达口岸24小时前向入境口岸检验检疫机构申报。
(2)受入境的船舶，在航行中发现检疫传染病(鼠疫、霍乱、黄热病)、疑似检疫传染病，或者有人非因意外伤害而死亡且死因不明的，船方必须立即向入境口岸检验检疫机构报告。
(3)受入境检疫的船舶，按规定悬挂检疫信号，在发给入境检疫证之前，不得降下检疫信号。
白天：悬挂“Q”字旗，表示没有染疫，请发给入境检疫证;
悬挂“QQ”字旗，表示本船有染疫或有染疫嫌疑，请即刻实施检疫
夜间：悬挂红灯三盏，表示没有染疫，请发给入境检疫证
悬挂红红白红四盏灯，表示本船有染疫或有染疫嫌疑;请即刻实施检疫
2、检疫地点
必须在最先到达的国境口岸的检疫锚地或者经检验检疫机构同意的指定地点实施。
3、检疫方式
检疫方式分为4种：锚地检疫、随船检疫、靠泊检疫和电讯检疫。持有效的 《交通工具卫生证书》的国际航行船舶在抵港前24小时，通过船舶公司或船舶代理向 港口 或锚地所在地检验检疫机构以电报形式报告。
(二)出境船舶卫生检疫申报
1、船舶必须是在最后离开的出境 港口 接受检疫。
2、船方或其代理人应当在船舶离境前4小时内向出境口岸检验检疫机构办理出境检疫手续，提供所需的资料。
3、经审核船方提交的出境检验检疫资料或者经登轮检验检疫，符合有关规定的，检验检疫机构签发《交通工具出境卫生检疫证书》，并在船舶出口岸手续联系单上签注。
二、出入境航空器
入境飞机检疫申报
1、按来自疫区与非疫区区别受理申报：
(1)、来自非疫区的飞机可通过地面航空站与检验检疫机构通过电讯进行检疫申报;
(2)、来自疫区的飞机，在飞行中发现检疫传染病、疑似检疫传染病，或者有人非因意外伤害而死亡并死因不明时，机长应当立即通知到达机场的航空站向检验检疫机构申报，并在最先到达的国境口岸的指定地点接受检疫。
2、飞机出境检疫申报。应当在出境检疫的飞机起飞前向检验检疫机构提交申报单、货物仓单和其他有关检疫证件。
三、出入境列车及其他车辆
(一)出入境列车的卫生检疫申报
1、出入境列车在到达或者出站前，车站有关人员应向检验检疫机构提前预报车上有无疾病发生等事项。
2、客运列车到达车站后，检疫人员首先登车，列车长或者其他车辆负责人应当口头申报人员的健康情况及列车上的卫生情况。
3、入境、出境检疫的列车，在查验中发现检疫传染病或疑似检疫传染病，或者因卫生问题需要卫生处理时，应将延缓开车时间、需调离便于卫生处理的行车路线、停车地点等有关情况通知车站负责人。
(二)、出入境汽车及其他车辆的卫生检疫申报及其查验程序
1、固定时间的客运汽车，在出入境前由有关部门提前通报;
2、装载的货物应按口岸规定提前向检验检疫机构申报货物种类、数量及重量、到达地等;
3、对入境货运汽车，根据申报实施卫生检查或必要的卫生处理，检疫完毕后签发《运输工具检疫证书》。
