虽然冷藏集装箱现已具备多种完善地体质货物质量的功能，但货物正确的装箱前预处理，适当的包装和箱内堆装，特定的温度、湿度、新鲜空气换气量设置用空气结构控制或调节等都十分重要。如果做不好这些工作，将无法把货物保质保量地安全运抵目的地。
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(1)冷冻集装箱在装货过程中，在检查冷冻装置，确认冷冻机已停止运转；
(2)货物预冷：在装货前，要对冷冻集装箱内使用的垫木和其他衬垫材料要预冷，并要对货物应进行预冷处理，并预冷到运输要求的温度，因冷箱设计制冷能力有限，仅能用于保持货物的温度。如果货物温度过高，将使制冷系统超负荷工作，导致该系统出现故障，影响货物安全。
(3)关于冷藏集装箱预冷：一般情况冷藏集装箱不应预冷，因为预冷过的冷藏集装箱一打开门，外界热空气进入冷藏集装箱遇冷将产生水汽凝结，水滴会损坏货物外包装和标签，在蒸发器表面凝结的水滴影响制冷量。但在冷库的温度与冷藏集装箱内温度一致，并采用“冷风通道”装货时，可以预冷集装箱。
(4)预检测试(PTI)：每个冷藏集装箱在交付使用前应对箱体、制冷系统等进行全面检查，保证冷藏集装箱清洁、无损坏、制冷系统处于最佳状态。经检查合格的冷箱应贴有检查合格标签。
(5)装箱前准备工作：根据不同易腐货物应确认下述事项：最佳温度设定；新鲜空气换气量设定；相对湿度设定；运输总时间；货物体积；采用的包装材料和包装尺寸；所需的文件和单证等。
(6)装箱前及装货时应注意：设定的温度应正确；设定的新鲜空气换气量应正确；设定的相对湿度应正确；装箱时制冷系统应停止工作；箱内堆装的货物应低于红色装载线和不超出T型槽的垂直面；箱内堆装的货物应牢固、稳妥；箱内堆装货物的总重量应不超过冷箱最大允许载重量；冷藏集装箱装货后总重量(包括附属设备的重量)在运输途中不应超过任一途经国的限重。
(7)脱离制冷时间：各种运输方式之间的交接可能出现短途运输或制冷系统故障，造成停止制冷。对冷冻和冷藏保鲜货物短时间地停止制冷状态是允许的。许多产品出现几小时的停止制冷可以接受，但并非所有货物都如此。对任何冷藏货物均不允许出现长时间地停止制冷。对特种货物和温度敏感货物应保持制冷系统连续工作，避免任何温度波动造成货物质量下降。
