但是，根据保函签发提单，毕竟违反单证的表示不得虚假的原则。承托人根据保函签发清洁提单，难免不被认为是与托运人共谋的欺诈行为。而且在许多国家，根据法律都有使保函无效的危险。
所以，接受保函签发清洁提单，对承运人是有一定风险的。因此，承运人对托运人提出的凭保函签发清洁提单的要求须特别审慎。如果承运人接受了托运人的要求，就应要求托运人提供一式数份保函。在接受保函时要特别注意，保函必须是以作为运输合同当事人的托运人的名义提出的，如果预料可能发生的损害较大，甚至还应要求提供由银行承担连带责任的保函。
承运人接受托运人提交的一式数份保函签发清洁提单后，除自行保存保函正本以备日后作为追偿的依据外，还应将大副在收货单上的批注记载于载货清单或载货运费清单上，并写明根据保函签发清洁提单，然后连同保函副本分送船舶和船公司在卸货港的代理人，供作将来处理索赔之用。报关员教材
关于保函的效用，在海上货物运输中，一般有两种情况托运人须提供保函。第一种情况是当托运人与承运人之间就货物的数量，重量或包装问题上存在分歧时，如承运人怀疑托运人提供的情况有问题，但又没有合适的方法加以检查，或者承运人认为货物的包装不适合长途运输，而托运人这时已不可能另换包装，承运人会要求托运人出具保函，以保护承运人的利益，否则承运人就在提单上记入不利于托运人的批注。第二种情况是托运人为了某种个人目的，要求承运人在提单上记入与实际货物情况不一致的内容，承运人为了保护自己的利益而要求托运人出具保函。凭保函签发清洁提单（包括要求承运人签发倒签提单和预借提单）就属于这后一种情况。
对于第一种情况下的保函，各国法律一般都采取认可的态度。这是一种为了使货物及时出口的变通做法，对收货人不存在隐瞒事实的问题。而对于第二种情况的保函，在法律上是无效的。因为这种保函的实际意义在于共同欺骗无辜的第三者。
关于保函的法律效力，海牙规则和维斯比规则都没有作出规定。考虑到保函在海运业务中的实际意义和保护无辜第三方的需要，汉堡规则第一次就保函的效力问题作出了明确的规定。汉堡规则第17条规定，保函是承运人与托运人之间的协议，不得对抗第三方，承运人与托运人之间的保函，只是在无欺骗第三方意图时才有效；如发现有意欺骗第三方，则承运人在赔偿第三方时不得享受责任限制，且保函也无效。
