与普通班轮一样，国际集装箱海运运费除计收基本运费外，也要加收各种附加费。附加费的标准与项目，根据航线和货种的不同而有不同的规定。集装箱海运附加费通常包括以下几种形式：港口拥挤附加费、变更卸货港附加费、选择卸货港附加费、燃油附加费、货币贬值附加费等。本文就各船公司通常主要用到的三种附加费作一系统地讲述。
１． 港口拥挤附加费（THC）。
港口拥挤附加费也称船舶拥挤附加费（THC），是对运往卸货港的货物因船舶拥挤致使停泊时间延长而临时征收的附加费。这种附加费中有按一定数额计收的和按运费的一定百分比来计收的两种。船舶拥挤大多发生在发展中国家的港口，主要是由于港口设备差，进口计划性不强，政情不稳，罢工，怠工，劳动热情低等原因。就运费的提高而言，一般都由各航运公会公布一个一定的实施预告期，但如果船舶拥挤是偶然引起的，也可根据公会应急条款（CONTINGENCｙ CLAUSE）的规定，在没有预告的情况下进行征收。但是在美国航运界，联邦海事局（FEDERAL MARITIME COMMISSION）规定，即使在这种情况下，也需要至少有一个月的预告期。
２． 燃油附加费（BAF）。
一般是指在不得不比一般水平的价格高或比普通使用的燃油价格更高的价格来补给燃油时（例如因进入战时体制供油地的油价高涨，或因象上次石油冲击那样的不测事态而涨价等），通常油价及其差额要转嫁到每一吨货物或分摊到基本费率上去。
这一附加费的计算方法是，先按平常价格营运时一个航次的总燃料费与按涨价后的总燃油费求出差额，除以船舶装载能力，计算出每一载重吨应负担的差额。或者，算出上涨价格比平常价格上升的比例，并以基本费率来除它，就可求出基本费率应加的百分数了。
３． 货币贬值附加费（CAF）。
因为定期航线通常要涉及到使用两种以上不同货币的国家，所以其运费率须以较稳定的货币计价，在多数情况下是以美元为基础。虽然各国以一定的汇率与美元等主要货币结算不会有什么问题，但是如果在主要货币的稳定性比较差的情况下，公会所管辖的两国以上货币的交换就会产生变化。
