出口企业遗失出口货物报关单(出口退税专用)需向海关申请补办的，可向主管税务机关退税部门申请出具《补办出口货物报关单证明》(根据出口退税管理系统生成)，再据此向海关申请补办。
二、法律依据
《国家税务总局关于印发<生产企业出口货物“免、抵、退”税管理操作规程>(试行)的通知》(国税发[2002]11号)
《海关总署 国家税务总局关于加强协调配合严格出口退税报关单管理和加强防伪鉴别措施的联合通知》(署监[1996]32号)
《国家税务总局关于印发<出口货物退免税管理办法(试行)>的通知》(国税发[2005]51号)
三、纳税人应提供主表、份数
《关于申请出具(补办出口货物报关单证明)的报告》，1份
四、纳税人应提供资料
1.出口货物报关单(其它未丢失联次原件及复印件)
2.出口收汇核销单(出口退税专用联原件及复印件)
3.出口发票复印件
4. 如出口企业无法提供要求提供的“出口货物报关单”和“出口收汇核销单”其他未丢失的联次，应提供通过电子口岸打印出的丢失的出口报关单和核销单信息。
5.载有关于申请出具《补办出口货物报关单证明)的报告》有关信息的电子数据
五、纳税人办理业务的时限要求
出口企业应在自货物报关出口之日起90日内向主管税务机关退税部门申请出具《补办出口货物报关单证明》。
六、税务机关承诺时限
提供资料完整、填写内容准确、各项手续齐全的，当场办结。
七、工作标准和要求
1.受理审核
(1)审查出口企业提供的证件、资料是否齐全、合法、有效;
(2)核对出口企业提供的各种资料的复印件内容是否与原件相符，复印件是否注明“与原件相符”字样并由出口企业签章，核对后原件返还纳税人;
(3)审核《关于申请出具(补办出口货物报关单证明)的报告》填写是否完整、准确，填写内容与附送证件、资料相关内容是否一致，签字、印章是否齐全;
(4)纸质资料不齐全或者填写内容不符合规定的，应当场一次性告知出口企业补正或重新填报。
(5)纸质资料符合要求的，将《关于申请出具(补办出口货物报关单证明)的报告》有关信息准确录入(或读入)出口退税审核系统审核。
2.核准
审核通过的，打印《补办出口货物报关单证明》，签署审核意见，提交审批人签字(或签章)后，加盖公章(或业务专用章)，退1份给申请人。
3.资料归档
