仓储管理的内容应该包括三个部分：仓储系统的布局设计、库存最优控制、仓储作业操作。这是三个层面的问题，彼此又有联系。
仓储系统布局是顶层设计，也是供应链设计的核心。就是要把一个复杂纷乱的物流系统通过枢纽的布局设计改造成为“干线运输+区域配送”的模式，枢纽就是以仓库为基地的配送中心。在相应的信息系统设计中，表现为“联库管理”的模式，分为集中式、分布式和混合式三类，其中配送中心的选择和设计是整个系统布局的关键。这部分内容通常并不包含在仓储信息系统WMS之中，但是对于布局设计变化的适应性、通用性也会成为客户选择WMS的一个重要依据。
库存的最优控制部分是确定仓库的商业模式的，即要(根据上一层设计的要求)确定本仓库的管理目标和管理模式，如果是供应链上的一个执行环节，是成本中心，多以服务质量、运营成本为控制目标，追求合理库存甚至零库存;如果是独立核算的利润中心，则是完全不同的目标和管理模式，除了服务质量、运行成本外，更关心利润的核算，因此计费系统和客户关系管理成为其中极其重要的组成部分，因为在计费系统中固化了市场营销的战略和策略。
仓储作业的操作是最基础的部分，也是所有WMS最具有共性的部分，正因为如此，仓储作业的操作信息化部分成为WMS与其他管理软件如进销存、ERP等相区别的标志。这部分内容不仅要根据上一层确定的控制目标和管理模式落实为操作流程，还要与众多的专用仓储设备自动控制系统相衔接，所以是技术上最复杂的部分。国产WMS与国外先进的仓储软件相比，最大的差距可能也就在这里，市场价格会相差数十倍、上百倍，也是这个原因。
