首先，在管理体制上，行业分割、地方封锁和不规范竞争的问题是目前中国货代业发展的主要障碍。部分地区地方保护思想严重，对本地和外地物流企业采取不同政策，影响了物流资源的整合和一体化运作。此外，由于货代业长期由国有企业一统天下，严重压制了民营货 代企业的发展壮大。
其次，货代业定位不清，致使发展失去方向感。从全球货代业的发展方向来看，货代业向物流业转变是一个不可逆转的趋势。而中国的货运代理企业要完成向物流企业的转型，首先必须要确定自身在物流体系中的定位。毕竟，物流在中国还不是一种成熟的产业，国内外客户的条件又有很大不同，根据本国特色，确定符合中国国情的物流产品是适应市场的首要条件；但另一方面，由于中国的货代企业长期处于低层次的经营状态，系统组织的能力很低，又缺乏有效的全球网络，提供全球供应链的管理服务又有一定难度。所以，中国的货代企业首先要解决的是如何融入到全球物流体系之中，根据自己的条件，开发不同层次的物流服务，最大限度地在物流产业中受益。
再次，中国的货代企业虽然数量众多，但规模普遍偏小。目前，经商务部批准的货代企业已超过5000多家( 含分公司)，如果考虑到挂靠在这些正规货代企业的二代、三代，保守估计实际数量应该有3万家，直接或间接从事这一行业的至少有30万人。但是，和跨国货代巨头们相比，无论是在规模上，还是在市场占有额上，国内的货代企业均相形见绌，还没有形成能够和外资货代巨头相抗衡的大型跨国货代企业。
最后，在货代人才方面，呈现严重短缺的局面。据统计，中国现有货运代理从业人员大约30万，其中经过正式培训的人员寥寥无几，已经严重影响了中国国际货代业的竞争力。为顺应市场发展竞争的需要，国家有关部门于2002年初正式推出《国际货运代理资格岗位证书》，旨在培养大量市场急需的国际货运代理人才，规范国际货运代理业务培训工作。有关部门当时也要求用三年的时间，通过培训使国际货运代理从业人员经过考试取得上岗资格证书，并推行持证上岗。在200 4年9月15日的全国首次考试中，全国考生总计超过万人。这种举措虽然从长期来看有助于改变人才短缺的问题，但短期来看，人才仍然是中国国际货代业发展的最大瓶颈之一。有关专家预测，在中国国际货代业发达的上海，随着入世和上海成为国际航运中心速度的加快，未来5年内，上海国际货运代理人才的需求至少在60万人，而目前上海合格的货代人才还不足1万名。
