随着集装箱运输的发展和集装箱运输系统的建立和完善，与传统的国际运输相比较，集装箱货物的运输无论在全程流通过程还是在运输组织上都发生了革命性的变化。
在起运港内陆广大地区的货物，如是整箱货，托运人可在自己的工厂和仓库交给运输经营人(门交接)，再由经营人负责运抵内陆集散站堆场；也可直接运到内陆堆场(中转站、内陆货站、办理站堆场)交给运输经营人(内陆CY交接)。如是拼箱货，托运人将货物运到各集散站的集装箱货运站，交给运输经营人或其代理人，装箱后转到各内陆堆场。从内陆堆场到装船港码头堆场的运输，一般由各内陆集散点(站)统一组织。由于围绕各集装箱港口建立的集疏网络具有多极结构，不同托运人托运的货物，不同运输经营人承运的货物，从货物交接点到港口码头堆场的集装箱运输过程，是多次集中、不断扩大运输批量的过程。这从根本上改变了传统运输中内陆运输是零星、小批量和由各托运人独立组织的局面，实现了统一组织，使内陆运输达到经济规模的效果。
在装运港附近的货物，如是整箱货，托运人可在自己的工厂和仓库交给运输经营人，再由经营人负责运至港口码头堆场，也可由托运人直接运到码头堆场。如是拼箱货，则由托运人将货物运到码头FS交运输经营人，经运输经营人组织装箱后转到码头堆场。在集装箱枢纽港周边地区的卫星港，也可通过支线运输将集装箱运抵枢纽港码头堆场。这些货物和内陆地区集运的货物，在港口码头堆场上进一步集中，保证了海上干线运输的规模经济效果。
货物经海上运输到达卸货港口，可以通过相反的过程疏运到最终交付货物的地点。
从以上的集装箱货物流通与运输组织过程来看，集装箱运输与传统的货物运输有本质区别。首先在货物集(疏)运过程中，分散在各地的小批量货物应预先在内陆地区的集散点集中，组织一定批量后通过内陆、内河或支线运输，采用集装箱专列、船舶等大型的运输工具，将其运往集装箱码头堆场(或相反)，使集装箱货物运输建立在大规模生产的基础上。其次是集装箱货物的流通过程，体现了集装箱运输系统高度的整体性与组织性。通过上述组织形式的运输，把集装箱系统的各要素，把运输全程中所涉及到的不同运输方式，不同服务环节紧密地联系为一个整体。在国际集装箱运输(多式联运)过程中，从接受货物地点到交付货物地点的全程运输，都是由集装箱运输经营人(多式联运经营人)负责组织的，这也为集装箱运输高度的整体性与组织性打下了基础。这种组织形式将使集装箱运输产生规模效益，最终保证了运输总成本的降低。
