马来西亚作为世界贸易组织成员国，关税水平一般较低。虽然大多数品目的关税税率低于25％，但关税税率的取值范围很广。基本食品的关税很低，不超过5％。主要货物的平均税率约为5％。中间产品和运输设备的税率平均低于20％。消费类货物的税率较高，有的高达60％。高价机动车辆征收的关税税率高于100％。总之，在其总共约600种进口品目中，只有91种的关税税率超过50％。马亚西亚作为建设中的东盟自由贸易区(AFTA)的成员国，其关税减让将执行AFTA条例中关于“普遍有效优惠关税”(CEPT)计划。马亚西亚主要的进口产品分三类，第一类是原料、生产资料，包括电子原件、纺织品、塑料、机器零部件、石油、化肥、农药和食品，共占进口总额的42.6％；第二类是机械设备，包括金属产品、机械运输设备、电子仪器、重型机械和电信设备，共占进口总额的34.5％；第三类是日常生活用品，包括摩托车、自行车、珠宝及食品，共占进口总额的21.9％。马亚西亚进口货物都要按CIF(到岸价格)值征收5％的附加税。一些基本货物如鱼、谷类、盐、石油产品、橡胶、纸和印刷品等是免征附加税的。对啤酒、酒精和其他饮料，烟、汽油、矿物油和糖、轮胎、纸牌、空调、电池、电视接收机、机动车辆和摩托车、火柴等商品按从价或从量征收消费税。
二、进口管制
1. 进口单证
(1) 商业发票 用于计征关税的原始发票要求使用英语填写并签署姓名。发票必须包括以下项目：标记、号码、货包的数量和种类、详细的商品名称，非技术名称或内部标号代码、毛重和净重、FOB、CIF费用和CIF价(如属于不同的海关税则项目，还必须将每种商品按CIF价分开注明)、发货地点和原产地。包装上的商品说明必须与发票上的一致，发票要一式三份。
(2) 原产地证书 原产地证明书只针对来自联邦制国家的货物。
(3) 提单 海运提单不需公证。允许使用指示提单，但要注明一位被通知人地址。
2. 特别规定
必须用巴哈萨来语在已包装完毕的货物标签上注明有关商品说明、公制重量和原产地的所有详情，英语只允许以第二种语言使用。所有已包装的产品必须印有以下说明：生产者、进口商或批发商的姓名、原产地、包装内容和产品的名称。食品、药物、家畜和肉类还必须注明卫生检疫规定，包括标签规定。用马来西亚语标出以下内容：原产地、商品说明、重量、保存期、进口商的姓名和通讯地址。香烟的包装必须用马亚西亚语印上清晰的损害健康类的警语。
3. 对未领取货物的处理
买主未按期限提取的货物可以在海关仓库中保留21天。逾期通知收货人，须在7天内提货，否则海关将予以拍卖。拍卖所得用于支付报关费、仓储费和其他所有费用。空运货物必须在72小时内领取，否则将处以高额的仓储罚金。该货物若3个月后仍未领取，将被退回。
三、自由港及其管理制度
马来西亚的自由贸易区主要集中在西海岸一带海陆交通比较发达的地方，著名的贸易区有槟榔屿、双溪瓦伊、巴都伦丹、丹戎克灵、拉布安、普赖、乌卢克朗、帕西古当、柔佛港、近打、宾图卢等。这些贸易区大都有以下两个特点：
1.发展速度快。现已建成了18个贸易区。马来西亚已成为目前世界上设立自由贸易区速度最快、数量最多的发展中国家之一。
2. 自由贸易区外设立特许制造业仓库，目的是让投资者在那些不可能或不适应设立出口工业加工区的地方设立工厂，用于生产出口工业制品。特许制造业仓库的经营方式和所提供的关税优惠待遇，与自由贸易区一样。绝大多数享有特许制造业优惠待遇的企业集中在森美点的塞纳旺、吉打州的知干岑和柔佛州的工业区。
