根据上述规则规定，我国的国际集装箱公路运输采用了全国统一的基本运价，各省市区根据当地实际情况，可以在全国统一基本运价的基础上，在20%上下幅度内，制定本地区实际的基本运价。但是，为解决我国各地集装箱公路运价多年来存在的费率水平偏低，运价与成本倒挂的现象，交通部于1991年以“关于调整国际集装箱汽车运输和汽车货运站部管费收项目基本费率的通知”，对原制定的费收规则作了修改和调整。其中20ft箱的全国统一基本运价由3.00元/箱公里调整为5.00元/箱公里，40ft箱由5.20元/箱公里调整为7.50元/箱公里。1992年为解决由于燃油价格上调和燃油供应平价转议价给经营公路运输造成的困难，交通部以“关于提高公路汽车运输省际零担货物运输、国际集装箱运输价格的通知”，将国际集装箱汽车运输基本价格提高了20%。其中20ft标准集装箱每箱公里由5元调整为6元，40ft标准集装箱每箱公里由7.50元调整为9.00元。
对于国际集装箱汽车运价的计算，交通部制定的上述规则规定，以重箱为计价基础，并分别规定了“单程重（空）箱价”、“双程重箱价”、“一程重（空）箱，一程空（重）箱价”和“双程空箱价”。
单程重（空）箱运价，按各省、市。自治区制定的国际集装箱汽车运输基本运价计算。
双程重箱运价的计算方法是，同一托运人同一去程和回程重箱，回程对流运输的重箱运价，按基本运价减成20%;提供不属于同j托运人的回程重箱，对各托运人均按对流运输部分的基本运价减成10%。
一程重（空）箱，一程空（重）箱运价的计算按以下方法进行：同一托运人托运的重箱去，同时空箱回，或空箱去同时重箱回的，按一程重箱计费，遇有空箱运输里程超过重箱运输里程的非对流运输部分按重箱运价计算。
对于同一托运人托运的双程空箱，其中较长一程的空箱按单程重箱计费，另一程捎运的空箱则免收运费。
对于标明是危险品的国际集装箱，根据上述规则规定应执行危险品运价。其中，放射性、易燃、易爆、烈性危险品运价在基本运价的基础上加价50%～100%;其他危险品运价在基本运价的基础上加价20%～50%。
此外，该国际集装箱汽车运输费收规则还规定了计时包车运价和包箱运价等计费形式。其中对于因下列原因对运输效率产生较大影响时，可采用计时包车运价：
（1）托运人原因使车辆不能按正常速度行驶;
（2）中途开箱时间过长;
（3）托运人自行确定车辆开停时间。
计时包车运价按计费时间、包用车辆的标记吨位和计时包车运价率计算。其中计费时间以小时为单位，起码计费时间为四小时，超过四小时者，以半小时为单位递进计算。
包箱运价是指，遇有大批量又同时受时间限制的国际集装箱的港、站进出口集散运输和直达、中转及联运至目的地的运输，经承托双方协议，可采用包箱运价。包箱运价以计程运价率和运距为基础计算，一般不得高于同类箱型基本运价的20%。同时各类服务项目均采用包干计费。
应指出的是，上述国际集装箱汽车运价计算办法是针对长途汽车货运而言的。对于短途汽车运价，交通部的上述费收规则规定，按里程递减的原则，采取基本运价加箱次费，或按短途里程分档的运价率计算，两种方法计算的运价要大致相等。国际集装箱汽车运输短途运价箱次费以每箱次为计价单位，1992年调整后全国统一的短途运价箱次费标准为：20ft标准集装箱每箱次30元，40ft标准集装箱每箱次为46元。各省、市、区交通主管部问根据当地实际情况可在全国统一的箱次费标准基础上，20%上下幅度内，制定本地区箱次费费率。
