由于签发人不同，船东提单和货代提单的法律效益和操作程序等方面均存在着差异，具体表现为：
1、形式上的差异：船东提单上显示的是船公司的标志(LOGO)，提单下方通常显示为“AS CARRIER” 或者 “THE CARRIER”并签有船公司法定代表人的签章。而货代提单上显示的是货代公司的名称标志，提单下方通常显示为 “As agent for and/or on behalf of the carrier XXXX” 或者 “As agent for and/or on behalf of XXXX as carrier (the carrier)”。有的提单上方显示货代公司名称标志，而提单下方也显示为 “AS CARRIER” 或者 “THE CARRIER”，这种提单称为货代签署的表面符合提单。另外，船东提单背面的英文条款中关于公司性质的描述是承运人(Carrier);而货代提单的背面英文条款中关于公司性质的描述是代理人(Agent)或无船承运人(NVOCC)。形式上的差异是我们在操作过程中分辨船东提单或货代提单的一个重要线索。
2、法律效益上的差异：海运提单是承运收货后签发给托运人的收货凭证也是承运人承揽该提单项下货运任务的法律凭证。船东提单是船公司签发给托运人的，表明船公司就该提单项下的货运事宜对托运人负责;而货代提单是货运代理人签发给托运人的，表明货运代理人就该提单项下的货运事宜对托运人负责。
3、操作程序上的差异：国际上通行的做法是由船公司对货运代理签发主运单，货运代理对客户(真正托运人)签发分运单。因而船东提单中的收货人 (consignee)往往为指定的货代公司,而货代提单中的收货人往往为TO ORDER或TO ORDER OF XXX 或真正收货人。到达目的港后，提货人原则上只有出具船东提单才能提货。因此，若客户(目的港收货人)拿到的是货代提单，就要到指定的目的港货运代理公司处换取船东提单后才能凭换取的船东提单办理提货。海关系统和船公司系统记录统计的是船东提单号并不显示货代提单号。
安排组织国际海运时，货代提单在其使用过程中体现出了其独有的特点和作用。(1)采用货代提单在运费到付(Freight Collect)的情况下，能够保障货代收取运费。(2)当今市场竞争越来越激烈，获取竞争对手商业信息的手段也越来越多。为了避免商业信息(货源信息、客户信息)泄露，采用货代提单时仅显示装运地和目的地的货代联系信息，而不显示真正的发货人和收货人。(3)由于货运代理人订舱量较大，往往能够从船公司处拿到较优惠的货代约定价格。为了享受这较优惠的货代约定价格，就一定要采用货运代理公司为抬头。(4)货运代理公司数量众多、分布广泛，能够很方便地与托运人和收货人进行沟通。而且货运代理还能够应托运人要求为托运人安排组织内陆运输及办理报关等事宜。因此采用货代提单操作灵活，服务方便 (5)货代提单的应用为集装箱拼箱运输的发展创造条件并使拼箱运输成为可能。所谓拼箱，是指货运代理接受货主托运的数量不足整箱的小票货运后，根据货类性质和目的地进行分类整理。把去同一目的地的货，集中到一定数量拼装入箱。由于一个箱内有不同货主的货拼装在一起，所以叫拼箱。一个集装箱中装有多个发货人的货，这些货在目的港的收货人都不同，如果只签发一个提单明显很不方便。这样就有了拼箱代理，属于货代性质。在拼箱运输操作中存在船东提单，只是船东提单中的发货人是货运代理，收货人是这个货运代理的代理。货运代理负责在起运港收货，货运代理在目的港代理负责在目的港卸货。货运代理签发货代提单给各个托运人，每个收货人凭这个货代提单到目的港的代理那去提货。其实这时货代提单跟船东提单是同时存在的，不过在发货人或收货人手中存在的只能是货代提单，真正的船东提单在货代手中。提单本身是一种“运输契约”，承运人把提单开给托运人，即签了一份承运合同。船东提单，是托运人与船东之间签订的合同;而货代提单是托运人与货运代理人之间签订的合同。托运人将货物交给货运代理人，货运代理人再将货物交给船东。货运代人与船东之间有承运协议，船东只对货运代理人负责而不会对货主负责。因为在货代提单的操作下，对于船东来说，货运代理人才是“货主”。由于船公司实力雄厚，操作上较正规，所以通常货主认为船东提单较安全可靠。
随着物流行业分工的不断细化和货主对于物流服务水平要求的提高，货代介入和参与国际货运已经成为国际货运经营模式的主流。因而货代签发分运单可以说是货代之间以及货代与船公司之间合作走向国际化的一种表现，是货代行业完善服务、更好地服务于客户和满足于客户需求的一种表现。然而，货代提单与船东提单无论是在表面形式上还是在法律责任上以及操作程序上都存在着差异。这就要求我们在组织国际海运过程中要明确和区别二者。
