内支线船的操作在报关时申报出口口岸为实际离境的口岸，如：在大连走内支线船，到宁波北仑转外籍轮船，报关申报离境地为宁波北仑而不是大连口岸，因为最终离开国内的离境地是宁波。在大连报完关后，大连海关会把电子关封（类似于箱封号）传输给宁波海关。由大连地区船舶代理公司负责制作纸面关封以及转关单，由大连海关盖章，封闭后随船走。每一张转关单上都会显示货物的所有具体信息，最重要的就是预录入号及报关单号。宁波海关接到转关单后会根据预录入号调档核实每一票货物信息的真实性，准确性。给予放行。船离港后，宁波海关负责核销，会把核销数据传输给大连海关，大连海关接到数据后给予退税。即实施“异地核销，本地退税”的方式。
内支线船报关注意事项：
1．报关申报离境地。一定按照船公司给的配载为准。不要把报关单上的出口口岸打成实际报关海关。
2．报关单上船名，提单号，一定不要打错，如果弄错，船公司做关封的时候会发现问题并及时通知报关单位更正，但是如果一旦时间来不及会影响船公司做关封，做转关单等事情。
3．内支线船的核销退税一般比正常本地出口核销退税要慢1-2周。
