在物流系统和社会生产系统中，经过可行性研究确定设置流通加工中心后，则组织与管理流通加工生产是运作成败的关键。流通加工的生产管理与运输、存储等方法有较大区别，而与生产组织和管理有许多相似。流通加工的组织和安排的特殊性，在于内容及项目很多，而不同的加工项目有不同的加工工艺。一般而言，都有如劳动力、设备、动力、财务、物资等方面的管理。对于套裁型流通加工其最具特殊性的生产管理是出材率的管理。这种主要流通加工形式的优势在于利用率高、出材率高，从而获取效益。为提高出材率，需要加强消耗定额的审定及管理，并应采取科学方法，进行套裁的规划及计算。
二、流通加工的质量管理
流通加工的质量管理，主要是对加工产品的质量控制。由于加工成品 ，一般是国家质量标准上没有的品种规格，因此，进行这种质量控制的依据，主要是用户要求。各用户要求不一，质量宽严程度也不一，流通加工据点必须能进行灵活的柔性生产才能满足质量要求。
此外，全面质量管理中采取的工序控制、产品质量监测、各种质量控制图表等，也是流通加工质量管理的有效方法。
三、流通加工合理化组织
流通加工合理化（Rationalization of distribution processing）的含义是实现流通加工的最优配置，在满足社会需求这一前提的同时，合理组织流通加工生产，并综合考虑运输与加工、加工与配送、加工与商流的有机结合，以达到最佳的加工效益。
1. 实现流通加工合理化的途径：
（1）加工和合理运输结合。在干、支线运输转运点，设置流通加工，既充分利用了干、支线转换本来就必须停顿的环节，又可以大大提高运输效率及运输转载水平。
（2）加工和配送结合。将流通加工设置在配送点中，一方面按用户和配送的需要进行加工，另一方面加工又是配送业务流程中分货、拣货、配货之一环，加工后的产品直接投入配货作业，这就无需单独设置一个加工中心环节，使流通加工有别于独立的生产，而使流通加工与中转流通紧密地结合起来。同时，配送之前有加工，可使配送服务水平大大提高。这是当前对流通加工做合理选择的重要形式，如煤炭、水泥等产品的流通中已表现得较为突出。
（3）加工和配套结合。在流通中往往有 “配套”需求，而配套的主体来自各个生产单位，但全部依靠现有的生产单位有时无法实现完全配套，如进行适当流通加工，可以有效促成配套，大大提高流通的桥梁与纽带作用。
（4）加工和商流相结合。通过加工有效促进销售，使商流合理化，也是流通加工合理化的考虑方向之一。
（5）加工和节约相结合。节约能源、节约设备、节约人力、节约耗费是流通加工合理化考虑的重要因素，也是目前我国设置流通加工，考虑其合理化较普遍的形式。
对于流通加工合理化的最终判断，是看其是否能实现社会和企业本身的效益，而且是否取得了最优效益。对流通加工企业而言，与一般生产企业一个重要不同之处是，流通加工企业更应树立以社会效益为第一观念，只有这样才有生存价值和发展空间。
2. 不合理流通加工的几种主要形式
流通加工是在流通领域中对生产的辅助性加工，从某种意义上讲，它有效地补充和完善了生产产品的使用价值，但是，设计不当，会对生产加工和流通加工产生负效应，所以应尽量避免不合理的流通加工。
不合理的流通加工主要表现在以下方面：
（1）流通加工地点设置的不合理
流通加工布局是否合理是流通加工能否有效的根本性因素。
一般而言，为衔接少品种、大批量生产与多样化需求的流通加工，加工地应该设置在需求地区，才有利于实现大批量的干线运输与多品种末端配送的物流优势。
如果将流通加工地设置在生产地区，其不合理之处在于：
①多样化需求要求的产品多品种、小批量，由产地向需求地的长距离运输会出现体积、重量增加的不合理。
②在生产地增加了一个流通加工环节，同时增加了近距离运输、装卸、储存等一系列物流活动。在这种情况下，不如由原生产单位完成这种加工而无需另外设置专门的流通加工环节，社会效益与企业效益会更好。
一般而言，为方便物流的流通加工应设在产出地。如果将其设置在消费地，则不但不能解决物流问题，又在流通中增加了一个中转环节，因而也是不合理的。
即使是产地或需求地设置流通加工的选择是正确的，还有流通加工在小地域范围的正确选址问题，如果处理不善，仍然会出现不合理。这种不合理主要表现在交通不便，流通加工与生产企业或客户之间距离较远，流通加工点的投资过高（如受选址的地价影响），加工点周围社会、环境条件不良等。
（2）流通加工作用不大，形成多余环节
有的流通加工过于简单，或对生产及消费者作用都不大，甚至有时流通加工盲目，同样未能解决品种、规格、质量、包装等问题，相反却实际增加了环节与成本，这也是流通加工设置（无论设置在何地）不合理而容易被忽视的一种形式。
（3）流通加工方式选择不当
流通加工方式包括流通加工对象、流通加工工艺、流通加工技术、流通加工程度等。流通加工方式的确定，实际上是与：生产加工的合理分工。分工不合理，本来应由生产加工完成的，却错误地由流通加工完成，都会造成不合理。
流通加工不是对生产加工的代替，而是一种补充；所以，一般而言，如果工艺复杂，技术装备要求较高，或加工可以由生产过程延续或轻易解决者，都应由生产加工完成。如果流通加工方式选择不当，就会出现与生产加工争夺市场、争夺利益的恶果。
（4）流通加工成本过高，效益不好
