为了进一步加强和完善外国司船舶运输收入的税收管理以及国际海运业对外支付管理，国家税务总局、自家外汇管理局2001年12月4日发布了《关于加强外国公司船舶运输收入税收管理及国际海运业对外支付管理的通知》(国税发[2001]139号)(以下简称《通知》。该通知自2002年5点1日起执行。
(通知)规定，负责向取得船舶运输收入的外国公司直接或间接支付运费的单位或个人为外国公司应纳税款的扣缴义务人，包括外商独资船务公司、国家船舶代理公司、国际货运代理公司、以及其他对外支付国际海运运费的单位或个人。扣缴义务人在每次对外支付运费前，以对外支付运费总额为应纳税入总额，按照规定的税串直接从纳税人的运费总额中代扣应纳税款。同时，扣缴义务人应分别向当地主管国家税务局报送(代扣代缴外国公司船舶运输收入所得税报告表)，向地方税务局报送(代扣代缴外国公司船舶运输收入营业税报告表)。
按照我国同其他田家缔结的避免双重征税协定、互免海运企业国际运输收入协定、海运协议以及英他有关协议或换文，外国公司可以享受减税或免税待遇的，须自行或委托其扣缴义务人分别向当地主管国家税务局填报(外国公司船船运输收入免征企业所得税证明表)，向当地主管地方税务局填报(外国公司船舶运输收人免征营业税证朗表)，并提供其他有关证明文件。末申增免税或不能提供有关证明文件的，不得享受免税待遇。外国公司不能及时提交免税证明的，应先按规定交税，待取得免税证明后再办理退税。
扣缴义务人在国际贸易出口项下向外国公司支付运费时，应向外汇指定银行提交完税凭证或免税证明。不能按要求提供完税凭证或免税证明的，不得对外付汇。根据《税牧征收管理法》的规定，扣缴义务人应扣末扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣末扣、应收来收税款50%以上三倍以下的罚款。
无船承运人税收管理
根据《国际梅运条例》及有关规定，中国企业法人和境外国际船船运输公司在中国境内从事无船承远业务，应向交通部提出申请并提交有关申谓材料，取得《无船承运业务经营资格登记证》。《国家税务总局关于从事国际海运无船承运业务使用发票有关问题的通知》(国税函[2002]404号)规定，在中国境内注册，并依法取得交通部(无船承运业务经营资格登记证)的企业，可以向税务机关申谓办理领购、使用《国际海运业运输专用发票》事宜、领购、使用《国际海运业运输专用发票》。
对于从事无船承运业务取得的收入是按营业税交通运输业税目(税率为3%)交税还是按营业税服务业锦目(税率为5%)交税的问题，一时成为人们争论的焦点。
认为应按交通运输业税目交税的人认为，从事无船承运业务的企业是以承运人身份接受托运人的贷载，签发自己的提单或运输证，向托运人收取运费，承担承运人责任，从事的是运输经营活动。因此，应按交通运输业税目交税。
认为应按服务业税目交税的人认为，交通运输业是指使用运输工具或人力、畜力将货物或旅客送达目的地，使其空间位置得到转移的业务活动。虽然无船承运人在无船承运业务中担当承运人的身份，但并没有从事税法规定的运输经营活动。无船承运人在其经营活动中只不过是以自己的名义而不是以承运人的名义签发提单。其取得的收入虽然称为运费，但其实际所得仍然是提供运输经营的组织活动所取得的服务费收入，不管这种牧入是代理性质的服务费收入还是其他性质的服务费收入。因此，无船承运业务仍然要按照服务业税目征税。
随着货运代理人规模的不断增大、实力的不断增强，其业务范围也不断扩展。有的货运代理人除从事贷运代理业务之外，还从事运输、仓储等经营活动。这些经营活动虽然都征收营业税，但属于不同的营业税税目，税率不同。根据税法规定，纳税人兼有不同税目应税行为的，应当分别核算不同税目的营业额；未分别核算营业额的，从高适用税率。因此；货运代理人应将各种经营活动取得的收入分别核算，避免因会计处理不当而造成多交税款的结果。
另外，如果货运代理人从事财产租货、货物运输或仓储保管或等经营活动，应注意缴纳印花税。租赁机动车辆、机械设备、船舶等的，应按财产租赁合同金额的千分之一缴纳印花税。从事货物运输的，应按货物运输合同金额的万分之五缴纳印花税。从事仓储、保管业务的，应按仓储保管合同的干分之一缴纳印花税。对于不开立合同，只开立单据，或者合同不规范的，应按实际计算金额缴纳印花税。
